在当时德国教育体制下，老师们都很严格、死板，要求学生务必对老师必恭必敬。德国学校体系往往规定严格的行为规则，采用严苛的课程设置。学校规定课程成绩的好坏往往取决于学生是否拥有良好的记忆力，是否擅长死记硬背。当众羞辱未预习课文的学生在那时的学校十分普遍，甚至连体罚也被认为是必不可少的教育手段。爱因斯坦后来写道：“对我而言，最糟糕的事是学校主要通过恐吓、强制和虚假的权威来维持运作。这些做法损害了学生的健康情感，人与人之间的真诚以及他们的自信”，“来自无知和自私老师的羞辱和思想压迫对年轻心灵造成极大伤害。这些伤害是无法弥补的，其恶劣影响甚至将伴随受害者终生。”此外，他特别讨厌学校实行严格的军事化管理，可能受此影响，爱因斯坦后来成为一名和平主义者。他说：“如果一个人认为能从呆板的军事化操练中获得乐趣，那么他足以让我鄙视。”严格而苛刻的教育方式与爱因斯坦天马行空、独立思考的个性格格不入。可以想象，只要是像他那样不甘于做老师宠物的孩子极可能会引来拥有绝对权威的老师不符事实的负面评价。

尽管如此，爱因斯坦还是遇上了最喜欢的老师，即他在文法中学的指导教师。在四年级和六年级时他还教过爱因斯坦历史、拉丁语和希腊语。爱因斯坦甚至不在乎下课后被老师留下一同补课，还把这当作一件乐事。还应提到的是，他所在的中学是德国最好最大的中学之一。他上学时，这所中学还因其所具有的自由主义氛围在启蒙学校中享有盛誉。如此看来，也许爱因斯坦的郁郁寡欢和糟糕的记忆更多地与他自己的个性和个人经历有关。但也可能是他挑衅责备他的老师或他的记忆力被德国通常采用的压迫式的教学方式扭曲所至。

从这时开始直到离开中学，他对物理、数学和哲学的兴趣还渐从学校日常学业之外独立发展起来。他的工程师叔叔雅各布和一个叫麦克斯·泰尔米的年轻医学院学生在爱因斯坦乏味的中学期间对他影响巨大。麦克斯·泰尔米从1889年到1894年期间每周一次在爱因斯坦家吃午餐。泰尔米和雅各布叔叔对爱因斯坦与生俱来的对每件事刨根问底的好奇心大加鼓励，不论是指南针还是宗教，他们都尽力帮助解答疑问。泰尔米不断带来流行的科学读本，尽力满足这个好奇小男孩的兴趣。他还带来一堆堆的哲学书，一起讨论爱因斯坦提出的许多问题。这时候的爱因斯坦对外部世界的求知欲如饥似渴。让爱因斯坦高兴的是，在他们的讨论中泰尔米对他平等相待，从不计较他们年纪的不同。泰尔米付出的时间和提供的知识正当其时，爱因斯坦正处于从小男孩逐渐成熟到一个能独立思考的成人的年纪，对这些有益的知识吸收得很快。这些书籍大大拓宽了爱因斯坦的视野，使他的爱好不仅限于数学，对所有的自然科学都兴趣盎然。

爱因斯坦十二岁时已看过许多科学和数学书籍，开始对圣经所载的诸般奇异故事产生了疑问，并且对传统宗教合理性产生了动摇，最终促使他抛弃宗教信仰。由于觉得国家在说谎阻挠年轻人正确认识世界，爱因斯坦从此对宗教深恶痛绝，尽管他后来还是发展出一些个人宗教信仰。与此同时，爱因斯坦继续自学科学和数学，在学校中这些科目他也表现得颇为擅长无可挑剔。在这期间，爱因斯坦阅读了特别珍视的“神圣小几何书”可能是叔叔雅各布给他的一小本装订的几何学。书中逻辑清楚的阐述对爱因斯坦影响巨大，这本几何书是继父亲赫尔曼多年前在他五岁时送给他指南针之后的“第二奇迹”。此后他阅读了许多更高深的此类书籍，对解析几何和微积分掌握得十分精通，很快就能够证明数学定理、解决一些数学难题，甚至能用自己的方法证明平面几何中的毕达哥拉斯定理（勾股定理）。他从科学和数学的学习中发现了最大的乐趣，所以并不热衷于在同学中结交些亲密好友。就像前辈物理学大师牛顿一样，爱因斯坦也对古典几何逻辑推理的形式十分着迷，认为这种几何推理思路清晰而轮廓鲜明，具有深刻的美感。爱因斯坦后来在1935年接受美国新泽西州普林斯顿一个中学校报记者采访时回忆起儿时学数学的乐趣。他说：“十二岁时的我刚开始了解基础数学，就惊喜地发现仅仅通过推理便可能发现真理。……我越来越相信即便是自然也能被理解为一种相对简单的数学结构。”