米列娃则留在苏黎世全力以赴复习参加毕业补考，但是她再次折戟沉沙没拿到毕业证，心灰意冷的她再也无心继续按计划攻读课程。毫无疑问，米列娃很难接受这个与理想相去甚远的结果，带着极度失望、沮丧的心情，无奈的她只能先回匈牙利的家中等待着他们第一个孩子的降生。

米列娃十月份曾短暂回到瑞士与爱因斯坦相会，他们俩都很小心保守秘密，特别提防保利娜知道。这次会面的时候，已可以看出孩子的预产期极可能就在来年的一月底——所以她在爱因斯坦住处几英里外一个村庄的旅馆里住下来。尽管小两口没有把怀孕的消息告诉任何朋友，保利娜似乎还是得知了此事——即将到来的孩子并没有使她对米列娃的成见有任何消减。1901年底，米列娃回到匈牙利，保利娜深深的敌意让她感到很受伤，她给一位朋友的信中写道：“（爱因斯坦夫人）看来拼了命要把我和她儿子的生活投入痛苦深渊……我简直无法相信世上竟然有如此绝情的、不可救药的刻薄的人存在！”爱因斯坦也无法理解母亲的行为，继续给亲爱的“Dolly”（他对米列娃的昵称）写情书，表达对她不渝的爱和支持，她还之以甜蜜的“Johnnie”昵称。这两个德文称呼都是德国南部当时流行的情侣间的亲昵叫法。

爱因斯坦当时连个长期的工作都没找到，但他并未因此气馁，仍然坚持写下自己关于理论物理方面的想法。对于这项他最为钟爱的工作，即使没有任何长期工作他也能乐此不疲，不需要老板告诉他做什么该怎么做，在这件事上他完全可以主宰一切。他后来在文章中写道：“作为一个颇为早熟的人，我也被大多数人所毕生追求的但毫无用处的名利所打动……我很快认识到了追逐名利的残酷性，在那时，这种名利的追逐往往用伪善和花言巧语掩饰着，比现在显得更隐蔽一些。”无论如何，一个孤立无援的学者，出于无可厚非的满足感，二十一岁的爱因斯坦在1900年12月把他关于毛细现象的科学论文寄给了颇有名气的德国《物理学纪事》。该刊编辑看中了当时尚名不见经传的爱因斯坦的论文，并把它登载在1901年3月号上，成为爱因斯坦第一篇公开发表的科学论文。在这次成功的激励下，爱因斯坦于当年９月份开始撰写一篇关于气体分子力的博士论文，准备申请苏黎世大学的博士学位。

1902年1月底，爱因斯坦的第一个孩子莉莎在塞尔维亚的诺维萨德米列娃父母家诞生。当时爱因斯坦并不在母女俩身边。根据米列娃父亲给爱因斯坦报喜的信中所述，孩子出生时，米列娃发生了严重的并发症。爱因斯坦在随后给米列娃的信中对她所受的痛苦表达了安慰。不过由于经济上的原因，手头拮据的他并没有马上动身去诺维萨德看望母女俩。他根本没有余钱可用，而由于当时父亲生意也发生困难以及母亲对婚事的坚决反对，他甚至不可能伸手向父母要到诺维萨德的车费。他给米列娃的信中爱意自然流露，详细询问孩子的情况：“她身体健康吗？是不是很爱哭？”“她的眼睛长什么样？”“她跟咱俩谁长得更像？”“我是多么爱她啊！尽管我们俩还没见面呢！”他还说：“我每天都在想着你们。”米列娃带着孩子在匈牙利一直待了半年，爱因斯坦经常写信给她，一起计划孩子的未来，向她表达思念之情并关注孩子的情况。但他一直没提到跟她结婚的事，显然是因为他意识到自己尚处于一贫如洗的状况，而且也担心父母对婚事的反应。保利娜在当年2月份在给朋友们信中称：“我们完全反对爱因斯坦和米列娃往来，我们甚至不希望他跟她有任何关系……她的到来是我一生中最苦涩的时候。”米列娃的父母虽然对此颇为尴尬，不过比起爱因斯坦现在的处境，由他们来照顾母女俩显然更合适。

由于喜得爱女的缘故，当年2月份爱因斯坦打起精神收拾少得可怜的行装搬到伯尔尼，满怀希望地等待来自瑞士专利局的工作机会。爱因斯坦的好朋友马塞尔·格罗斯曼的父亲此前已向专利局极力推荐了他，他也获得苏黎世大学的博士生导师阿尔弗雷德·克莱纳教授对他博士论文的支持。