刚开始，在女儿莉莎出生，但还没搬到伯尔尼之前，爱因斯坦突然要求撤回博士论文，因为他在文中对统计力学的创始人之一路德维格·波尔兹曼的理论进行了批判，克莱纳教授对他的论文持保留态度，本来爱因斯坦可能想根据教授的意思对论文做出一定的修改。但是克莱纳教授突然改变态度，允许爱因斯坦不用对论文再进行修改。这样，爱因斯坦便得以脱身前往伯尔尼,他显然对克莱纳教授的突然开恩很高兴，“教授并不如我想得那么愚蠢”。

专利局的工作敲定之前，为了保证在伯尔尼的生活，年轻的爱因斯坦刊登了一则私人授课广告，希望为在校学生提供数学和物理的钟点补习家教。很快有主顾循广告找上门来，不过人数不多，总共也只是几个人，所得收入勉强能让爱因斯坦糊口，远无法改变其窘迫的财政状况。与此同时，他结交了一些新朋友也遇到在伯尔尼学习的老朋友。老朋友当中有一个叫保罗·温特勒，是他第一个女朋友玛丽·温特勒的弟弟，到伯尔尼大学学法律。另一个老熟人是康拉德·哈比希特，是爱因斯坦以前在沙夫豪森私人学校教书时认识的，他到这城市拿数学博士学位。新交的朋友马莱斯·索洛文，是看见广告慕名而来的听他讲物理的一个伯尔尼大学哲学系学生。他们俩一见如故，除了物理知识方面的交流，还常常一起探讨物理学领域的哲学问题。

1902年6月，爱因斯坦终于获得梦寐以求的伯尔尼专利局的职位。尽管这个职位提供的薪水依然不足以在伯尔尼这个物价昂贵的城市供养一个家庭，但爱因斯坦还是兴高采烈地接受了聘请。他成为专利局里的低级别职员，主要负责检查申请专利的电子器件，并对器件的有用性提供意见。工作试用期两年，两年过后专利局再决定是否转为长期职员或确认不合格而解雇。

1902年，米列娃在夏天和秋天几度到瑞士与艾尔伯特相见，但不知何故没有带女儿莉莎同行，所以爱因斯坦父女还是没能见面。爱因斯坦的父亲此时健康状况很差，几次生意失败带来的压力使他患上严重的心脏病。1902年10月，爱因斯坦得知父亲病危，心急如焚的他马上奔赴意大利米兰守护在父亲身边。弥留之际的赫尔曼最后的嘱托是同意儿子跟米列娃的婚事，然后为了不让让家人看到自己临死前挣扎的惨状，让所有家人全部退出房间，自己一个人面对死神的降临。赫尔曼去世时年仅55岁，抛下44岁的妻子保利娜孤单一人和爱因斯坦兄妹。

1903年1月6日，赫尔曼去世三个月后，历经六年半的爱情长跑的爱因斯坦和米列娃终于步入婚姻的殿堂。他们在伯尔尼举行了简单的结婚仪式，只有挚友索洛文和哈比希特两位宾客参加，深陷丧夫之痛的保利娜自然不会参加儿子与自己所厌恶的女人的婚礼。爱因斯坦是他们家族中第一个与非犹太人结婚的人。为了迎接婚后的生活，夫妻俩在伯尔尼城的蒂利尔街租了一套公寓。在婚礼的当天发生了一件趣事，他们从饭店庆祝完新婚之后很晚才回到住所，这才发现忘记带钥匙了，他们只好把房东叫起来开门。婚后的生活相当惬意，爱因斯坦告诉朋友们说，他的新婚妻子有一手好厨艺，把家整理得井井有条，每天都快快乐乐的。

伯尔尼是一个生机勃勃的可爱城市，有许多知识分子和学生成群结队地在城中的酒吧和寓所间聚集，他们俩在这里生活得很习惯。就在这种氛围里，爱因斯坦、索洛文和哈比希特三人于1903年春天参照希腊神话中的典故组建了所谓“奥林匹亚科学院”的业余性质的科学活动小团体。这个“科学院”其实就是一个讨论问题的小组，业余时间聚在一起探讨当天重要的科学和学术的话题。他们经常讨论卡尔·皮尔逊、戴维·休姆、厄内斯特·马赫、格奥尔格·弗里德里希·黎曼和布鲁克·斯宾诺莎的著作，而且常常讨论到深夜。有时在讨论的间歇爱因斯坦会为大伙拉一段小提琴或由别人念一段古典文学作品。这样的讨论会有时也会变成喧闹的社交沙龙，米列娃偶尔也加入讨论，但她更多地是做忠实的听众，很少主动参与，也许她更多时间在思念远在匈牙利的女儿小莉莎。爱因斯坦后来回忆说，这样的聚会充满着“孩子般的快乐”。