三年之后，克娄巴特拉当上了女王。

克娄巴特拉是在埃及国力日衰时期登上王位的。爱吹笛子的国王在位的最后几年一直动荡不安。他所有的财产实际上被罗马的一位财政大臣掌控着，自己并不能随意处置。当这位国王迫不得已把那个罗马人赶回去之后，罗马帝国便认为将埃及这块土地据为己有的时间已经到了，就像吞并地中海沿岸大多数地区一样。就在埃及即将成为罗马的一个省份之时，克拉苏在波斯战场上打了个大败仗，几乎全军覆灭。这次惨败让埃及有了一线苟延残喘的机会，没有马上被并入罗马版图。但在这位声名狼藉的国王去世的时候，埃及的主权已经岌岌可危了。

王位由十七岁的克娄巴特拉和她年仅十岁的弟弟托勒密共同继承。在一次庄重的祈祷式上，克娄巴特拉的父亲委托罗马人做他遗嘱的执行人。因为按照古埃及法老的习俗，这兄妹二人应该结为夫妻。爱吹笛子的国王对皇宫里的争斗再明白不过：阴谋不会远离埃及王室，甚至会愈演愈烈。克娄巴特拉还有一个十三岁的妹妹阿尔西诺伊和一个年纪更小的弟弟。这四个孩子中，到底会是谁受压制、谁遭流放、谁被谋杀呢？最后又会是谁在哪个派别的帮助下夺取王权的呢？这个可怜的希腊埃及人像乞求神灵一样乞求着罗马元老院的庇护，就连身后之事也求助于罗马人，以期保证埃及的和平与稳定。在他看来罗马就是埃及命运的支配者。

历史上，克娄巴特拉并没有和她弟弟完婚。也没有人知道她在十七岁到二十一岁之间都做了些什么，这是她个人生活史中惟一一段什么也没留下的空白处。但是这几年当中发生的重要事件却很多。克娄巴特拉被她的弟弟赶下王位，隐退了一段时间。她的隐退是为了寻找机会夺回王冠。从一位古代作家留下来的文字片段中我们能大致揣度出她当女王时的一些感受。

克娄巴特拉刚就位时，有一位罗马驻叙利亚总督派他的儿子来亚历山大城调回安东尼当年带来的部队，他们一直作为卫队留守在埃及。然而，原本纪律严明的罗马军人现在已经无心作战，成了一群以凯尔特人和日耳曼人为主的士气低落的散兵游勇。他们只想和他们在埃及娶的妻子呆在一起而不乐意去波斯战场送死。他们不仅没有上战场，还杀死了总督的儿子，把他的随从赶了回去。女王对这件事的反应又怎样呢？乍听到傲慢、不可一世的罗马人被这些一半属于她的子民挫伤气焰，难道她就不会为自尊心得到了一些满足而高兴吗？克娄巴特拉从来就不是一个感情用事的人。她下令把这些不肯服役的士兵抓了起来，戴上镣铐押送到叙利亚交由罗马总督处置。这些人就是杀死他儿子的凶手。可是，这位总督并没有对这些人进行残酷的报复，反而把他们全都又押送回女王那儿，并告诉她，只有罗马长老和罗马官员才有权逮捕罗马人！不知道女王当时是怎么想的。这对克娄巴特拉来说是一个刻骨铭心的教训，她肯定能从中吸取些什么。

时隔不久，又有一艘属于罗马的船只驶进了亚历山大港。格内奥斯·庞培奥斯依照他父亲庞培的命令前来收编这支军队。这回，这些无心作战的散兵游勇出发了。因为这次他们要被纳入了不起的将军麾下与声名远扬的恺撒本人作战。在这场因争权而起的斗争中，人们都赶紧站在庞培的一边。克娄巴特拉知道这件事之后，不仅放行，还送了五十条船给这些罗马人当交通工具。庞培的儿子比安东尼年轻许多，还很优雅。如果庞培打了胜仗，她就能够以此谈交情叙旧谊了。

爱吹笛子的国王生前曾讲到过庞培的竞争对手——恺撒。他的那些远渡重洋的故事比庞培的任何一个故事都有意思得多。但克娄巴特拉从来没看到过印有恺撒头像的硬币。而庞培给克娄巴特拉寄过自己最好的肖像画，硬币上那个风度翩翩、青春依旧的庞培。在克娄巴特拉看来，这两位将军都应该是老态龙钟的人了。

这位年轻的罗马人在亚历山大顺利完成任务正好为埃及王室中反对克娄巴特拉的人提供了一个绝妙的借口。他们诽谤说克娄巴特拉不但与罗马人勾结，还把埃及最好的舰队拱手相送。一个年轻英俊的罗马军官就足以弄得她神魂颠倒了，这种君主还会有什么样的事情做不出来呢？女王虽然冰雪聪明，特立独行，但她当时的势力太小，不足以抵挡反对者对自己的攻击。更有甚者，与她共同执政的弟弟才十几岁又不够聪明，受人摆布而不自知。宫里人都知道，事实上是托勒密的三位老师——一个内侍总管、一个太傅和一个将军煽动满朝文武官员、权贵和老百姓让这个向罗马人出卖国家利益的女王退位的。

或许事实真相不能十分肯定。但可以肯定的是，有一天，二十岁的克娄巴特拉在亚历山大城的皇宫里再也呆不下去了，不得不逃离自己的宫殿，自己成长的家。她应该去往何处？罗马吗？罗马元老院是她父亲要求联合执政遗嘱的执行人。年轻的克娄巴特拉在利益受到威胁，性命攸关的时候仍不会被情感左右。在尊严和利益两者当中她是不会选择利益的。去乞求罗马元老院的庇护，必然会重演她父亲当初返回埃及的那一幕（这恰巧是她瞧不起父亲的原因所在）。如果真到了山穷水尽的地步，克娄巴特拉宁可像塞浦路斯王那样服毒自尽！