孔祀问题极大地刺激了保守派。各地一时间兴起了“孔教会”及“孔道会”等团体的尊孔运动。

对于一直以来都在策划复辟的大总统袁世凯而言，尊孔运动的兴起正合他的心意。儒教在被体制所收编后两千多年以来，一直效力于历代王朝，其体质是完全符合帝制的。康有为作为热心的尊孔论者，甚至自发性地组织了一些运动，这与狡猾的袁世凯在背后煽动尊孔运动是分不开的。

教育会议的第二年（ 1913）6月18日，四川都督尹昌衡向袁世凯发送电报，建议恢复“祀孔典礼”（祭祀孔子的典礼）。四天之后， 6月22日，袁世凯发布了大总统令，即“尊崇孔子令”，号称尊崇孔子，“以正人心，以立民极”，并断定“以不服从为平等，以无忌惮为自由，民德如斯，国何以立”。强制国民必须履行此令，不可擅自发表看法。

这便是袁世凯复辟帝制的步骤之一，他将臣民绝对服从的希望寄托于“孔子”身上。要求绝对服从他“袁世凯”为时尚早，于是便把孔子抬了出来，然后再偷梁换柱。袁世凯的目的在于，让溜须拍马的人歌颂他与孔子的德性一样。历史上曾有类似的先例。明末把持朝政的宦官魏忠贤（？— 1627）下令修建自己的生祠（祭祀活着的人的祠堂），并配祀孔子。皇帝被称为“万岁”，魏忠贤要求人们称之为“九千岁”。当时的皇帝——天启帝（ 1621—1627年在位）死后，魏忠贤缢死。假如天启帝再多活些时日，魏忠贤或许便会篡权。

颁布大总统令那一年的 9月1日，“孔教会”再次发送电报请求将孔教国教化。曾留学于英国的严复（ 1853—1921）、清末进士出身并作为考察大臣随员外游的夏曾佑（ 1863—1924）以及梁启超（ 1873—1929）成为孔教会的成员，康有为被推荐为会长。他们在北京的国子监举行了祀孔典礼。如果将此作为个人活动自然无可厚非，然而他们却将此作为了国家活动的演练。 

1914年1月末，在政治会议上通过了“祭天祀孔”案，并定于 2月7日开始执行。

“祀孔”是对伟人的缅怀，还是一种宗教仪式？——这是一个极为微妙的问题。被称为真正儒者的蔡元培认为，孔子学说不同于后世的儒家，他承认了儒中的宗教性。如果仅仅是缅怀仪式的话，那么与“祭天”结合在一起就会令人产生疑惑。在天坛祭天乃专制皇帝的特权，袁世凯身为共和国的大总统，其位置与皇帝极为接近，这么做便有改朝换代之嫌。因此，孔儒极容易被野心家利用。

当时许多人对“共和制”缺乏了解，毕竟共和政体是新生事物。有人认为，所谓的共和政体是由于当下皇帝不存在，便组织了临时的共和政治，等皇帝出现了，共和政体便会被废止。

周厉王（前 878—前 827）暴虐，遭国人驱逐，不在位期间由两位大臣暂理国政，“共和”一词便由此而来。厉王客死他乡后，两位大臣共同辅佐王子静即位，并将大政奉还。据《史记》记载，共和持续了十四年。王子静便是宣王（前 827—前 782年在位）。“共和”一词源于此，便有一时之意。

袁世凯统治时期发布的宪法草案中，提到“国民教育以孔子之道为修身之大本”，虽未将之国教化，但差别甚微。

在通往近代之门之际，康有为等人通过《孔子改制考》将孔子称为创始者，举起了创始、改制的大旗。然而一旦进入了近代，孔子及儒教的粉饰便被剥落了。