蒋介石又派他儿子担任另一项工作——三青团政治部主任。陈果夫两兄弟担心的状况果然出现：团员人数达五十万之众的三青团，加上青年军，乃至一般青年工作，即将是蒋经国的势力范围；CC派成员和康泽的蓝衣社旧属，迟早会丢掉在三青团内的要职，被派到前线，届时是否战死就很难说了。（译按：康泽后来被俘，并未战死。）

时常面带微笑的蒋经国，培养出在工作时不苟言笑的习惯。他的父亲非常重视仪表外貌，一再劝他严肃自持。但是，蒋经国一生都维持平易近人的精神，看到有人进到办公室，他一定起身招呼。工作余暇，吃了饭、喝过酒之后，他会和部属勾肩搭背讲笑话、划拳助兴。虽然工作之余喝了不少酒，此时他的糖尿病痼疾还未发现诊治，仅只偶尔有些麻烦。经国此时体力健康可谓处于巅峰期，依然瘦削、活泼、自信、充满精力。

蒋经国肩头重负越来越多，没有太多时间与方良、子女相处。1935年以来慢慢演进的生活方式，现在逐渐定型。根据长久追随他的部属说法，经国把他的工作，家庭生活和社交生活分开来。他深爱家人，有机会也与子女玩，但是在家的时间越来越少。若干貌美、聪明的女性受到他的吸引而与他亲近，已婚、单身的都有。有一位女性友人是某空军将领的女儿，怀了身孕，前往美国。

12月，日军突然停止一号作战的攻势。太平洋战事频频失利，日本不想再多占领中国领土。中、美双方正在规划一项军事行动计划，由中方发动攻势，美军则由海上在华南登陆。但是，一号作战的危机甫解，蒋委员长比以前更重视与共产党的对决作战。他指派陈诚兼任敌后作战总司令。积极组建三青团以防止中共吸收青年学生，也成为当务之急。

许多在20世纪40年代中期接近蒋经国的人士相信，蒋介石在这个时期开始考虑，陈诚是个可能的继承人，经国则是第二人选。就经国本人而言，他晓得有些人现在开始背地里称他“太子”，而且他父亲至少已经起了念头，有朝一日儿子可能成为中国的领导人。陈诚和蒋经国也努力维持平顺关系，相处上大体也不错。陈诚是蒋经国尊重的少数几位国民党将领之一。但是两人之间也无可避免地会产生竞争的紧张态势。蒋经国曾经对一名随从透露：“如果陈诚对，我服从他；但是，他错了，我又怎么能服从他呢?”

全球战局现在情势一片大好。美军陆战队攻陷硫磺岛，以冲绳为起降基地的美军B-29轰炸机在日本领空如入无人之境。2月初，孙立人率领新一军重新打下腊戍，打通滇缅公路，中国从此不再受到封锁，可以与海路接通。

近1944年底时，美国新任驻华大使赫尔利（Patrick Hurley）在前来重庆途中，经过莫斯科。斯大林和莫洛托夫对他表示，苏联已经对中国共产党完全失去兴趣，苏联希望与国民政府增进关系。赫尔利抵达重庆不久，苏联驻华大使馆代办向蒋经国建议，宜安排斯大林和蒋介石会谈。然而，这件事没有下文，很可能是斯大林决定暂且按下，等到雅尔塔会谈之后再说。

这时候，美国军方相信，唯有借由地面作战才能在亚洲大陆击败日军，而中国军队没有能力完成此一任务。日军一号作战及其他事件（如蒋介石一度声称他若未多得到美援，即将退出战局），使得罗斯福对国民政府失去信心。美国外交官员、新闻记者及驻华机关其他人员一再抨击国民党，史迪威也不时批评重庆当局，又加上好消息似乎总是由延安中共阵营传来，对华盛顿的对华印象起了重大影响。基于种种原因，罗斯福总统在1945年2月的雅尔塔高峰会议里，预备瞒着蒋介石政府及中华民国，让中方付出重大政治代价，换取苏联承诺出兵中国东北，攻打日本。

美方同意把旅顺港和中东铁路交还给苏联控制。至于中国另一块领土——外蒙古，罗斯福同意外蒙地位问题由苏联操控的公民投票来决定。他还同意，在德国战败、苏联能把二十五个师兵力部署到远东之前，不通知重庆的美国盟友这些影响到中国领土权益的条款。