1947年初，虽然林彪部队几度跨越松花江，取得小胜，东北军事主动权大体还掌握在国军这边。1947年3月，国军攻占延安，声势达于鼎盛。

这时候，国民党党内斗争并未稍止。CC派和蒋经国为了争夺对中央政治学校的控制权，爆发了一场内斗。蒋介石派蒋经国取代陈果夫，出任中央政校教育长，但是在陈氏兄弟发动学生抗议、反对之后，经国辞而不就。9在东北战场上，林彪集结四十万部队，强渡松花江，孙立人寡不敌众；人民解放军深入国民党统治区，夺走大量军事设备和补给，向沈阳挺进。杜聿明利用空中武力优势反攻，林彪又退回松花江。此后，国共双方都伤亡惨重，但是共军力量显然已转强。

蒋经国对东北局势开始转为悲观。他没有点名批评杜聿明，但是私底下却抱怨，派到东北去的国军“没有得到人民支持，也没有和地方武力维持良好关系”。经国说，到头来，杜聿明部队将是政府的“负担”，而不是“资产”。10

1947年7月4日，国民政府决定全面动员戡乱。蒋介石改组东北军事指挥结构，解除杜聿明职务。9月间，毛泽东也下令人民解放军发动战略攻势。原本看好的军事局势，突然为之一变。蒋经国等人和美国国务院的“中国专家”看法相同，认为东北挫败乃是国民党的党、政、军高层持续腐化、无能之故。蒋经国目睹考察的台湾“二二八”事件，凸显出此一事实。

蒋经国的左右彼此又讨论起，以三青团为骨干组成政党，向腐化的国民党挑战的议题。蒋经国本人也写了一本小册子《我们对团的建议》，似乎暗示组党之意。9月初，三青团在避暑胜地庐山举行第二次全国代表大会。会前，经国的亲信在他房间与之会面，讨论组党之议。

陈立夫、黄埔系及国民党其他元老听到此一消息，冲进蒋介石办公室痛斥这个想法。蒋介石本身虽然对党、对文武百官的表现颇有挫折感，却反对三青团另树一帜组党的主意。鉴于父亲的立场，经国打消组党念头，可是部分身边的人仍坚持此议，在大会中提出来。蒋介石上台，明确表态：“你们实在糊涂！……我已经是国民党总裁，还能同时再领导另一个党吗？”

蒋介石叹息国民党和三青团都“只是空壳子，没有实力”。不但不另组新党，蒋介石反而下令将三青团并进国民党，取消三青团中央干事会；三青团原本形式上是独立组织的地位，也就昙花一现断送掉了。CC陈氏兄弟和党内其他派系都很高兴。蒋经国第一次当选为国民党中央委员作为补偿，此外还担任中央党部干部训练委员会副主任委员，主委由他父亲挂名兼任。11

蒋经国苦思如何在组织战上对抗中共，随即想出一个主意，即以青年军复员军人为骨干组织“戡乱建国总队”，派到战场从事政治工作，争取民心，不让民众支持度随着国军失利而丧失殆尽。蒋介石批准这个计划，经国立刻组成好几个大队，他正式出任戡建总队领导人（译按，江南在《蒋经国传》里说，胡轨系戡建总队总队长），但是，为时已迟，戡建总队实质上没有起作用。

共军在东北恢复攻势，一再切断连接大城市的铁路线。国军守备部队越来越仰赖陈纳德新成立的民间公司“民航空运公司”（Civil Air Transport， CAT）的飞机运补。蒋介石明白，军事上、政治上，他都失去了主动权。蒋介石对手下高级将领越来越失望，迭有恶评。他一度说，大部分指挥官士气低到谷底，精神涣散，甚至还表示佩服共军军官的纪律严整，操守廉洁。

12月间，南京突然笼罩着悲观气氛，外交部次长叶公超告诉美国驻华大使司徒雷登，苏联最近频频送上修好的讯号。据叶公超说，苏联通过一群曾在俄国受训、通晓俄语的国防部高级军官——最著名的就是蒋经国——这个渠道“频送秋波”。蒋经国等人主张与中共政治和解是“唯一方法”，要寻求与苏联“拉近了解”以达成此一目标。据报道，苏联驻华武官罗申将军鼓励蒋经国这群人。12