由于袁世凯死的时候仍旧是在职的总统，因此黎元洪在继任总统后还以在职国家元首的规格给他治丧。当时中央政府除了拨款50万公款用于丧葬费用外，还通令文武机关下半旗、停止宴乐27天，民间娱乐也停7天；文武官员和驻京部队一律佩戴黑纱；设立“恭办丧礼处”，以曹汝霖、王揖唐、周自齐三人承办大典丧礼，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人总负责。

袁世凯死后，那些在护国战争中明里暗里背叛他的袍泽故旧也纷纷“冰释前嫌”，或亲自或派随员赶到北京沉痛悼念老领导，所以袁世凯的葬礼也办得风风光光，备极哀荣。最可叹是那御干儿、奉天将军段芝贵，他在得知袁世凯死讯后急忙从关外星夜兼程赶来，等到了新华宫灵前更是呼天抢地，涕泪涟涟，不知道的人还以为死的就是他亲爹（真是孝子！）。

袁世凯的灵堂设在中南海怀仁堂，从6月6日到27日，共停灵21天。在此期间，京城的文武百官每日按班次前来致祭行礼，驻京部队也分批前来，举枪致哀。灵堂外面，还搭建了数座牌坊，另有京城内外的高僧、名道和喇嘛也来念经诵佛，超度总统亡魂。

6月28日，袁世凯的灵柩从北京起运到河南彰德，当时起灵的杠木棺罩都是用的皇家规格，新华门内用32人的小杠，出新华门后改为80人的大杠，一路上黄土垫道，并有警察开道、陆军仪仗队一个团、海军仪仗队一个连，外加文武百官、亲朋故旧，共计2000人前来送行。至于赶来观看的群众，那更是人山人海，盛况空前，比当年慈禧太后的葬礼热闹多了。

在灵柩的后面，袁克定和弟弟们披麻戴孝，手里拿着哭丧棒步行，妻妾、女儿和媳妇则坐着素轿跟在后面。最不和谐的是，次子袁克文因为和大哥袁克定为安葬的墓地发生争执，在一怒之下竟然出走天津，不来参加送殡仪式（真不愧是名士做派）。

在灵柩抬上预备的专列后（京汉铁路客运还为此停运一天），京中的一般官员也就送到车站，另一列专车则运送袁世凯的知交故旧（如徐世昌、严修、段芝贵等）、治丧人员、护送军队及其物品前往彰德。火车开动后，车站鸣炮101响，向已故总统告别。在经过保定、邯郸时，当地官员还举行了隆重的路祭。到彰德后，袁世凯下葬于故居洹上村以北一里的墓地，整个墓园占地20余亩，系德国工程师设计建造。当时墓地栽满松柏，当地人称“袁公林”（据说当地人还有折此地松柏辟邪的习惯）。

由于袁世凯的葬礼过于奢华，最后结算的时候发现入不敷出，政府所拨的专款扣去葬礼费用后不足以建造墓地工程。为此，徐世昌、段祺瑞、王士珍等八人联名发起公启，请求社会各界人士解囊相助，最后又凑到25万元，才最终结束了袁世凯的丧事。