但是，贪官污吏如雨后春笋般杀之不尽，朱元璋大为震怒，说：“ 我欲除贪赃官吏，奈何朝杀而暮犯。今后犯赃者，不分轻重都杀。”洪武十八年（1385 年），户部侍郎郭桓利用职务之便勾结朝廷及地方官吏，通过巧立名目、涂改票据等手段，鲸吞巨额库粮、税银，折合粮食2400 多万石，相当于当时全国每年秋征粮食的总数。朱元璋震惊之余，亲自批复，将涉案的“六部（吏、户、礼、兵、刑、工）”侍郎以下官员一律处死。先后受这一案件牵连被杀者，多达数百人。

朱元璋对贪官污吏的打击力度可谓不小，但贪污受贿行为仍时有发生。朱元璋失望之下，开始对那些贪官使用断指、断手、挑筋、削膝盖等酷刑，还创造了“剥皮实草”的刑法，即把贪官做成“人皮口袋”放置在衙门内的官座之旁，以警戒在任官员。为了行刑方便，也为了起到震慑作用，各府州县衙的左边都要建一座土地庙，一旦查出贪官，即押赴土地庙，当众剥下人皮，所以该土地庙也被称为“皮场

朱元璋深知官场官官相护的黑暗，为了使下言上达，他在午门外设立“鸣冤鼓”，民间若有冤屈，在地方无法申冤，可在此击鼓鸣冤，向他直接申诉，由他亲自审理。为打消百姓害怕报复的心理，他破天荒地准许百姓密封奏事，直接向他上奏。

朱元璋还对各级握有实权的官吏进行监视。监视人员一旦发现官员有贪赃枉法等问题，可随时上奏，哪怕是深更半夜，朱元璋也会立即起床接见。因此，有的贪官晚上受贿，第二天早晨就遭到查办，办案动作如此神速，令人咋舌。连远离京师穷山绝塞之地的郡县官员也悚心震胆，不敢稍有放肆，以免被人举报而遭制裁。

在反腐的同时，朱元璋也积极倡廉。洪武三年（1370 年），河南嵩县刘典史入京朝觐。朱元璋见他衣服破旧，掀起朝袍一看，里面的衣服补丁叠补丁，甚为感动，赐他坐在自己身边说话。刘典史回去后，朱元璋立即派官员去调查他的情况，经查，此官十分清廉，家中负担很重，入不敷出。朱元璋立即赏赐银两、布匹，并加官晋级。

对于廉吏，朱元璋赐予金钱宅第，越级提拔，还将一批廉吏的事迹列入《彰善榜》，并专命鼓乐为他们开道，着令地方官为其建牌立碑，使他们光宗耀祖、远近驰名。在朱元璋的倡导下，明初出现了一大批为百姓称道的清官。

朱元璋在位31 年，没有一天停止过反腐斗争，杀掉的贪官可真多，可能高达数万人。据《大诰续诰》记载，仅两浙、江西、两广、福建等省被处决的贪官已很难以数目计，以致许多州县的官位经常出现空缺，剩下的地方官员能够顺利做完一个任期者，少之又少。被免职和受到其他处罚的人则更多，仅发往朱元璋老家凤阳种田的官吏就达上万人之多。

朱元璋也承认自己对贪官的打击过于酷烈，但他却不得不这样做。他曾对皇太孙朱允炆说：“吾治乱世，刑不得不重，汝治平世，刑当自轻，所谓刑罚世轻世重也。”他想把挨骂的事自己都做了，让后代子孙做“好人”。

客观上说，朱元璋治贪虽有失之过严之嫌，但效果却很明显，经他铁腕打击后，元朝遗留的官场贪腐之风为之一扫，“吏治澄清者百余年”。而且他一手抓吏治，一手抓发展，奖励农耕，兴办水利，经济日益繁荣。他又以强悍军力扫荡元蒙的残余势力，使大明的疆土大大拓展，成为同时期世界上最富庶强盛的文明大国。