柏拉图称他为“心者”（The Mind），学园的同学称他为“读者”（The Reader），这不见得是恭维，因为即使是为了读书的缘故，哲学家的手也不应该搞脏。在学园就读时，他追随柏拉图多年，主张我们所认识的世界只是完美永恒的观念世界的粗略影像。但是亚里士多德（公元前384年至公元前322年）在快40岁时离开雅典，回到自己的祖国马其顿王国后，不再只靠哲学辩论寻找真理，而是通过耐心地观察老鹰、蜜蜂、海豚与角鲨，以及在解剖台上的血渍与恶臭中，寻找另一类的知识。在面对丰富多样的大自然时，他率先按照生物本身的特性，来研究生物的科学分类与知识，而不是通过有成见的观点。

亚里士多德的父亲尼可马各（Nicomachus）是马其顿国王阿敏塔斯二世（Amyntas Ⅱ）的御医。因此，亚里士多德可能从小就开始接触大量知识并实地练习。不过他的双亲在他年幼时即已过世，因此他顶多受过行医的初步训练而已。大约17岁时，亚里士多德前往雅典，在柏拉图的学园学习。他在那里待了将近20年，从一位才华横溢的学生成长为顶尖的哲学家，探索实在、知识、逻辑与因果关系的本质。亚里士多德是爱奥尼亚人，这一点相当重要，因为他似乎学到当地一些伟大的自然哲学家的精神，他们在他出生前数世纪，于当地从事研究与教学。泰勒斯与他的追随者试图通过自然因果而非神话来解释宇宙，并且从自然当中而非在众神一时的心血来潮中寻找万物的本质。亚里士多德时代的雅典哲学家认为爱奥尼亚的哲学家过于天真，因为他们相信的是自己眼中的真实，而非纯粹由推理得到的产物。

亚里士多德于公元前340年离开学园与雅典，大致与柏拉图去世的时间相同。在雄辩家狄摩西尼（Demosthenes）的挑拨下，雅典人的反马其顿情绪高涨，导致亚里士多德避开雅典达12年之久。在流亡到小亚细亚赫梅厄斯（Hermias）的宫廷时，他娶了统治者的侄女皮西亚斯（Pythias）为妻。这对夫妇带着女儿搬到莱斯波岛（Lesbos），亚里士多德似乎就是在那里开始研究动物王国，观察岛上与附近生物的。他可能曾经接受泰奥弗拉斯托斯（Theophrastus）的帮助，泰奥弗拉斯托斯是该岛的本地人，后来以他对植物的研究与分类，协助亚里士多德进行动物研究。亚里士多德有一件著名的事迹，他曾花了三年的时间，教导马其顿国王腓力（Phillip）的儿子，亦即后来的亚历山大大帝。

亚里士多德回到雅典时，已年届五旬，当时雅典是由亚历山大大帝统治。亚里士多德并未回到柏拉图的学园，而是在吕刻昂（Lyceum）成立自己的哲学学校。他在那里教授许多科目，但仍继续研究动物。亚里士多德最终写了一系列的书，为生物学奠定了基础。其中最重要的一本是《 动物志 》（Historia Animalium），在这本书中他谈到数百种动物的身体结构及生活方式，包括它们生长繁殖的方式、栖息地及互动方式。他还写了一些更专门的书，包括比较动物解剖学与功能生理学的《 论动物解剖 》（De Partibus Animalium），关于动物如何移动的《 论动物行为 》（De Motu Animalium）与《 论动物生态 》（De Incessu Animalium），追踪动物发展与成长的《 论动物生成 》（De Generatione Animalium），以及探索生物与非生物之间差异的《 论灵魂 》（De Anima）。