有时有些人会说，达尔文的进化论是以循环论证为基础的。若适应性（fitness）是以生存与成功繁殖来衡量，那么“适者生存”就没有意义了。达尔文也知道天择完全不能使植物或动物更好，它只是让物种能在特定的环境与生活方式中茁壮成长。达尔文扬弃一般所接受的创造阶梯论，即“众生序列”（Great Chain of Being）所代表的人类沙文主义，这种论点将所有生物从最简单的，一直往上排到最高位——人类。达尔文率先了解到，每一个活物种都能回溯至单一来源——我们都是枝杈茂密的生命树上的小树枝。对他而言，物种并没有高低之分，它们只是适应不同的环境与生活方式而已。

达尔文也是在《 人类的由来 》中，首度集中探讨在演化引擎中极重要的成分——性择。他率先了解到，由于演化的关键在于成功的繁殖，比较可能促使交配成功的特色将会演化得特别快、特别惊人。达尔文了解性择解释了许多大自然最惊人的展示，例如雄鹿巨大的角、孔雀优美的尾巴、雄性竞争激烈的战斗，还有我们自己的第二性征，像胡须与乳房。今天我们已知性择的基础不仅是雄性的竞争而已，还有雌性的选择，以及性择会塑造繁殖的所有细节，从生殖器官的形状、大小与色彩到交配行为的错综复杂都包含在内。

一个理论最严格的测试，也许就在于它成功预测的能力。达尔文的理论使他相信开花植物与协助它们授粉的昆虫，是一起进化的。他研究过许多种只能由特定种类的黄蜂、蜜蜂或蛾进行授粉的植物。因此当他知道马达加斯加岛的某种兰花，是将花蜜储存于30厘米长的管底时，他就预测会有一种蛾的吸管在伸展后也会达到相同的长度。专家嘲笑这种说法，然而在大约40年后，真的有人发现一种蛾拥有这种不可思议的器官。现代的进化理论利用先进的数学来计算种群中基因的变化频率，如今它已能推论出更具体的预测，例如群居昆虫明显的利他行为，是以高度亲缘关系为基础的。

从一开始，达尔文的理论就掀起普遍的敌意、抗拒与嘲弄。不过它也面临严峻的科学挑战。最重要的威胁来源令人意外，那就是当时的物理学家。克尔文爵士（Lord Kelvin）与其他顶尖的物理学家，拿着热力学定律作为武器，严厉批评达尔文演化论的必要背景 —— 时间。克尔文计算太阳必然在不久前还非常热，之后才快速冷却。他指出地球的历史不会超过3000万年，因为它从熔化状态到冷却需要这么久的时间。这段时间比《 圣经 》所承认的6000年还多，但比天择所需的时间少得多。大多数的地质学者都支持克尔文看似无法反驳的数字。达尔文与他的信奉者奋力将我们现在所知的超过30亿年的演化，塞进克尔文设下的限制内，可惜并未成功。1871年，达尔文在写给华莱士的信中说：“我还未能消化太阳与地球年龄变短的基本概念。”到了1873年，克尔文轻蔑地描述达尔文理论为彻底失败。

最后证明正确的是头脑不清晰的生物学家，而非思路清晰的物理学家。很不幸的是，达尔文在贝克勒（Becquerel）发现放射能之前15年就已去世。到了下一世纪，居里夫妇及其后的卢瑟福证明了放射性元素是克尔文梦想不到的强大能量来源。它们使他的计算显得无关紧要，也让天择有时间完成它的工作。

目前仍在辩论中的一个争议，是达尔文赋予渐变（gradual change）的核心角色。他知道化石记录似乎经常诉说不同的故事，那就是长期的稳定被剧变所打断。达尔文详细正确地指出化石记录的不完整性。他预测我们终究会发现过渡物种，可以填满缓慢持续的变化史，他的一些预测是正确的。不过今天大多数的生物学家倾向于采纳由艾尔德诺基（Niles Eldredge）与古尔德（Stephen Jay Gould）于1977年所提出的疾变平衡论（Punctuated Equilibrium）。他们的论点是演化通常如巨浪般移动：长期的相对稳定性被自然与物种混合的剧变打断。我们现在知道有些最大的间断（大多数的现存物种消失，最终被新物种所取代）是大灾难造成的，例如巨大的小行星撞击地球。

如同今天的基因改造农作物，达尔文的竞争与天择概念也不限于它们原本的领域。神学家最先跳出来反对这些概念侵入他们的领域，展开了一场至今创世论者仍奋战不休的战役。尽管有神学家的反对，它也不是达尔文的本意，可他所论述的“竞争无所不在”与“适者生存”的观点，仍迅速渗入几乎人类思想的所有领域，包括人类学、经济与政治等，不胜枚举。在许多情况下，它们被用来佐证歧视、种族主义与残酷资本主义的正当性。痛恨奴隶制度与任何一种残忍行为的达尔文，肯定会对这样的结果感到惊骇。然而，他可能也会对他这些创见普遍化后的一些结果感兴趣，例如，今天，天择被用来解释在由彼此竞争且自我复制的分子所构成的原始世界中，生命究竟是如何开始的。有些宇宙学家主张，我们这个稳定且适合居住的宇宙是从无数宇宙中选出来的，那些宇宙在诞生时大多运气不佳，所含的粒子与作用力较不适宜。

达尔文热爱大自然丰富的形态与特征。他在研究后发现，这当中有一个简单的过程在运作，此过程不仅普遍、持久且力量强大，并足以解释所有生物的生存与特性，包括我们人类在内。对于达尔文的观念所造成的冲击，基因学家多布赞斯基（Theodosias Dobzhansky）所做的评估可能是最贴切的，他只简单地说：“若无进化论，生物学的一切均毫无意义。”然而，最能总结达尔文这些远见的，莫过于他本人：

此生命观有其伟大之处，有数种力量最初已被注入一些或一个生命形式当中；正当地球这个行星根据不变的重力定律循环运行时，生命就从如此简单的形式开始，持续演化出无限种瑰丽美妙的生命形式。