1862年，华莱士回到英国，拜访了达尔文。从此两人结成好友。和达尔文不同，华莱士出身贫寒，地位卑微，常常陷入财政困难。达尔文大力提携、帮助华莱士，不仅在学术上推崇他，也在经济上资助他，最终还说服英国政府给华莱士一笔不菲的年金，让他从此衣食无忧。

达尔文本人认为华莱士独立地发现了自然选择定律，我们现在也把华莱士当成自然选择学说的共同创建者，而事实上，华莱士的观点与达尔文的并不一致。他对自然选择的理解不那么准确，也不彻底。华莱士并没有意识到自然选择主要地是以个体为目标的，而是把变种或亚种当做自然选择的单位，认为新物种的产生是亚种之间相互竞争的结果。换句话说，达尔文强调的是对个体的选择，而华莱士强调的是对群体的选择。达尔文的学说更符合现代生物学对自然选择的理解。此外，华莱士不相信达尔文后来提出的性选择理论，也不相信人类能够经过自然选择进化而来，而认为人类的进化必然有超自然的力量的参与。华莱士晚年皈依唯灵论，断然否认人类意识是进化而来的，达尔文曾写信告诉他：“我希望你还没有完全杀死了属于你自己也属于我的孩子。”更确切地说，自然选择学说是属于达尔文自己的孩子，把华莱士当成共同父亲是达尔文的慷慨之举。

华莱士对能与达尔文共享荣誉感到非常高兴。他很清楚，如果不是达尔文，自然选择学说不会引起关注，自己也不可能在学术界有那么高的地位，因此他总是把荣耀归功于达尔文一人，并把自然选择理论称为“达尔文主义”。

达尔文和华莱士的互相谦让和通力合作，对进化论的研究和传播起到了极大的促进作用。华莱士即使算不上自然选择学说的创建者，也是其主要的倡导者和捍卫者。在达尔文死后（1882年）的数十年，自然选择学说越来越失去其吸引力，越来越多的生物学家采用其他机制来解释进化是如何发生的。就连被称为“达尔文的斗犬”的赫胥黎，这时也不再相信自然选择学说，转而相信跃变论。华莱士显得非常孤立。为了回应对自然选择学说的批评，他在1889年出版了《达尔文主义》一书，成了华莱士所有著作中被引用最多的一本。他是这个后来被称为“达尔文主义的日食”的黯淡时期少数几颗明星之一。直到20世纪40年代达尔文主义才大放光彩，此时华莱士已死去20多年了。

由于科学研究极其强调首创性和首发权，我们已见惯了科学家之间为此钩心斗角、争权夺利，甚至因此妨碍了科学进展。像达尔文和华莱士这样互相谦让的，是罕见的例外。他们也是人，但是是高贵的人。