费歇的指控在遗传学界挑起了一场持续至今的大论战，70年来在学术期刊上发表的争论文章至少有二十几篇。一开始，是认为孟德尔实验有假的一方占优势，有的甚至猜测孟德尔（或其助手）是怎么造假的：在统计实验结果时算到想要的数据就不再往下算了，尽管孟德尔在论文中明确声明他统计了所有的样本。有一位细心的研究者根据孟德尔论文中统计的植株和种子数目，计算出平均每株植株结的种子数，认为太少了，证明孟德尔并没有统计所有的种子。但是随后又有人指出，在孟德尔的时代，还没有用到化肥增产，那个平均种子数很正常，有同时代其他人的实验结果为证。

这场争论把群体遗传学的另一位创建者、美国著名遗传学家和统计学家莱特（Sewall Wright）也给卷了进来。1966年，莱特在一篇论文中虽然基本同意费歇的计算结果，但是详细列举了几条理由说明这个计算结果不能说明孟德尔（或其助手）造假。此后，为孟德尔辩护的一方逐渐多了起来，并成了主流意见。直到2007年3月，美国《遗传学》杂志还发表了一篇为孟德尔辩护的文章。

为孟德尔辩护的学者不少，而理由却大不相同。有的同意孟德尔实验数据的确有问题，但是并非有意造假造成的，而是来自无意的主观偏差。某些豌豆性状并不是很容易区分的，比如某粒种子的形状该算是圆的还是皱的，有时就不太好说，碰到这种模糊状况，孟德尔可能下意识里就往有利于实验结论的方向统计。另一种可能是，孟德尔或许做过几次试验，而只报告他认为是最好的结果。这些做法在今天看来也许不太规范，但并非有意造假。有的则干脆试图推翻费歇的计算结果，或者认为他滥用了卡方测验，卡方测验不能用于验证数据是否造假；或者认为他误解了孟德尔实验的细节，得出了错误的计算结果。

这些讨论涉及到比较专业的遗传学和统计学知识，我不想在此做详细的介绍。我只想指出两点：一、孟德尔在论文中提到，他对某次实验结果不满意，做了重复实验，并报告了两次实验的结果。如莱特指出的，如此诚实可不像一个造假者所为。二、在1900到1909年间，有六名遗传学家重复了孟德尔的豌豆实验，发现结果完全相符。

虽然现在学术界的主流意见认为孟德尔实验结果是可信的，但是有关孟德尔造假的说法仍然在大众媒体上广为流传。国内外一些反科学人士更是对此大做文章，鼓噪孟德尔“‘制造’统计规律”，声称“孟德尔定律过于简单化和理想化”，警告我们“不可把科学理论看得过于神圣”。退一步说，即使孟德尔实验结果有假，可不等于他发现的遗传定律是假的。遗传定律早已被后人的无数实验结果所证实了。那些反科学的论调既缺乏科学常识，也违背了基本的逻辑。