如此看来，弗雷希曼和庞斯检测到的中子不过是实验误差或疏忽造成的。那么怎么解释他们检测到的多余热量呢？加州理工学院的研究人员认为是因为他们未在电解池中安装搅拌器，局部过热导致高估了产热。琼斯则认为是因为他们所用的电解池是开放式的，电解水的过程中释放出的氢气和氧气能够重新结合，这个化合过程产生了检测到的多余热量。他改用封闭式的电解池重新做实验，就再也检测不到多余热量。琼斯从弗雷希曼和庞斯的竞争对手转变成了强烈的反对者。

要避免实验误差或疏忽的一个可靠方法是做个对比实验，例如用轻水（普通水）代替重水做实验，因为轻水不可能发生聚变，如果用它也能检测到中子、多余热量，那就说明是实验本身出了问题。但是弗雷希曼和庞斯都没想到要做对照实验。在犹他大学新闻发布会后，弗雷希曼到哈威尔实验室做报告，一个听众问他是否做了轻水对照实验，弗雷希曼竟粗鲁地回答说：“我不准备回答这个问题。”在另一次会议上，庞斯也被问到同一个问题，他回答说这个对照实验没有必要。

1989年夏天，美国能源局成立的特殊委员会到各个实验室进行调查。11月，该委员会报告说，没有令人信服的证据能够证明冷聚变的存在。犹他大学国家冷聚变研究所的科研人员未能重复出弗雷希曼和庞斯。1990年5月，犹他大学校长被迫辞职。第二年6月30日，国家冷聚变研究所关门。

不过这出戏并没有就此落幕。在被迫离开学术界之后，弗雷希曼和庞斯仍然想继续赌下去，而且拉到了赌金。丰田汽车公司的老总丰田英二资助他们在法国建实验室，研发让冷聚变产业化。日本通商产业省则在1992年拿出2000万美元的经费资助冷聚变研究。但是这个赌局已很难维持了。1995年，弗雷希曼以对研究方向有不同意见为由和庞斯分道扬镳，脱离了丰田项目。第二年，庞斯自己也离开了。1997年，日本通商产业省终止冷聚变项目。1998年，丰田公司也终止了冷聚变项目，而犹他大学则在那一年放弃申请冷聚变世界专利。

至此戏结束了吗？也没有。仍然有不少被称为冷聚变“信徒”的人在继续着弗雷希曼和庞斯的美梦，时不时地有人声称证实了冷聚变的存在。他们的工作很难在主流学术期刊上发表，他们就自办冷聚变杂志，自开冷聚变国际会议，其中有一届还是在北京召开的。在“冷聚变”一词变得臭名昭著之后，他们就改叫“凝聚态物质的核科学”。但是近20年来，除了冷聚变“信徒”反复地声称已验证了弗雷希曼和庞斯的实验之外，没有别的突破。早在1989年庞斯就宣称用冷聚变实验产生的热能够把水烧开用来泡茶，但至今没人能喝上冷聚变茶。最新的进展是：在1990年代就宣称已实现冷聚变的日本大阪大学退休教授荒田吉明及其合作者张月昌于2008年5月22日当众表演冷聚变实验，据说有几家主要报纸和电视台的记者出席。不过几乎没有英文媒体报道此事。连喜欢炒作的记者也学乖了。毕竟，科学实验不是魔术表演，不是靠向没有专业辨别能力的观众演示就能让人信服的。