“PD手册”节目组随后进行了一系列调查。他们以拍摄介绍韩国生物技术的专题片为幌子，对2005年论文的一些共同作者做了采访，获悉11个干细胞系中只有两个（2号和3号）做过证明是干细胞的实验，而且是从汉城MizMedi妇女医院那里得来的。10月，节目组又到美国对论文的另一作者金善钟做了暗访。金善钟此时在黄禹锡的合作者、匹兹堡大学教授杰拉尔德·夏腾（Gerald Schatten）实验室工作。节目组编导告诉金善钟，他们已掌握了黄禹锡造假的证据，并欺骗他说，韩国检察机关已经开始调查此事。金善钟承认他对两个细胞系的照片进行复制，用来代表11个细胞系，但是是在黄禹锡的指示下这么做的。节目组用暗藏的摄像机录下了对金善钟的采访。

可能是听到了什么风声，夏腾在11月11日突然宣布中断与黄禹锡的合作关系，他们已合作了两年，一起发表了《科学》论文。夏腾说是由于他发觉黄禹锡所用的卵子的来源有问题。11月21日，论文作者之一、负责向黄禹锡提供卵子的汉城MizMedi妇女医院理事长卢圣一举行新闻发布会，承认他给每位卵子提供者支付了1400美元。第二天，“PD手册”播出了调查的第一部分“黄教授卵子出处疑问”，指控黄禹锡在论文中对卵子的来源说谎。

此时对黄禹锡的指控还只限于他对卵子的采集有违生命伦理。黄禹锡痛快地承担了责任，他在24日举行的新闻发布会上承认有两名助手自愿捐赠卵子，其他妇女则因为提供卵子而获得报酬。他声称他事先并不知情，但愿意为此道歉，将辞去研究中心主任的职务。

新闻发布会后，大多数政府官员、媒体、公众都表示支持黄禹锡。数百名韩国妇女宣称她们乐于捐赠卵子给黄禹锡做实验。“PD手册”则成了众矢之的。MBC电视台的网站论坛上贴满了观众指责“PD手册”的帖子。“PD手册”节目所有的赞助商都撤销了广告。12月7日，MBC暂停了“PD手册”节目，决定不播出指控黄禹锡论文造假的后续节目。

但是在2天前，韩国生物研究信息中心的网站上出现了一个匿名帖子，标题是：“这个节目必须继续……”指出黄禹锡2005年《科学》论文所用的一组干细胞照片明显是用两张照片重复“克隆”出来的。第二天，另一个匿名帖子指出该论文还存在重复使用DNA指纹图的问题。这些指控在网上激起了热烈讨论，随后又在韩国传统媒体上获得报道。12月12日，首尔大学宣布启动对黄禹锡的调查。MBC也播出了指控黄禹锡论文造假的后续节目。

12月29日，首尔大学调查委员会正式宣布调查结果，黄禹锡2005年论文中所称的11个克隆干细胞系全都是假的：其中的9个根本不存在，是重复使用2个细胞系的数据冒充的，而这2个干细胞系并非克隆而得，而是普通的胚胎干细胞系。2006年1月10日，调查委员会又宣布黄禹锡2004年的论文也是捏造的，不过克隆狗是真的。第二天，《科学》撤销了黄禹锡的这两篇论文。

1月12日，黄禹锡举行新闻发布会，表示歉意，请求宽恕。但是他只承认夸大了数据，否认造假，认为是MizMedi妇女医院的研究人员调换了样本陷害他。此前黄禹锡已宣布将辞去首尔大学教授一职，但首尔大学不许他辞职，而是在2月9日解除了黄禹锡及与造假有牵连的6名教授的职务，并在3月20日将黄禹锡开除。3月21日，韩国政府剥夺黄禹锡“最高科学家”荣誉称号。5月12日，韩国检察厅正式起诉黄禹锡犯有夸大学术成果骗取赞助款项、挪用研究基金、违反生命伦理三大罪名。此案还未审理完毕。目前黄禹锡担任新成立的私人研究机构韩国水岩生物工程研究所的首席科学家，带着他的研究团队继续从事动物克隆。韩国政府禁止他再从事人胚胎克隆。