苏曼殊离开安庆后，收到陈独秀的信，说他也打算离开安庆。1913年6月17日（旧历五月十三日），苏曼殊在盛泽给刘三写信说：“顷得仲兄信，有去皖之志，想聚首之时不远。”

6月，袁世凯先发制人，免去江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏烈武等人的职务。6月30日任命孙多森为安徽民政长兼安徽都督。柏文蔚被免职后，去南京暂住。隔日，陈独秀提出辞呈。７月７日，国务院代总理段祺瑞呈报，批准安徽都督秘书陈独秀辞职，但在此之前，陈独秀已携高君曼和两岁的女儿子美离开安庆，前往南京。他在辞呈中说：“旧病复发，迫不及待。”在南京，柏文蔚、陈独秀两家合住一院。这期间，陈独秀曾到上海。7月8日，苏曼殊在苏州给刘三写信，说“仲甫六月中旬携家至沪”。

7月12日，李烈钧等人于江西湖口起义，宣布独立，标志“二次革命”开始。黄兴发表讨袁通电，并请柏文蔚任安徽讨袁军总司令。不久，柏文蔚宠信的部下胡万泰叛变，倒向袁世凯，率兵攻打都督府。8月７日，安徽宣布取消独立。柏文蔚被迫离皖，逃到南京。第三次出任安徽都督秘书长的陈独秀逃亡到芜湖。

胡万泰倒戈反柏，芜湖驻军龚振鹏没有率部救应，其部下在芜湖杀人无度，陈独秀十分愤怒，和师长袁家声进了龚指挥部，指责他“按兵不动，是何居心？”龚振鹏一听，命令部下将陈独秀绑了。龚振鹏曾是柏文蔚手下一个旅长，7月在正阳关开会，两人为权位产生了矛盾，所以这次不救柏文蔚。对龚振鹏来说，陈独秀不过是柏都督的秘书，又是落难之人，有何资格当着他的部下的面指责他？袁家声阻拦，龚振鹏也叫一起绑了。

陈独秀被绑，脸色变白，但口气很硬：“要枪决，就快点吧。”龚振鹏打算出个布告，以临阵脱逃，扰乱军心罪，次日枪毙陈独秀。范鸿偃劝龚振鹏，说陈仲甫杀不得，定远人、旅长张子刚时任皖军副司令，带领手枪卫士到了龚振鹏司令部。龚振鹏见张子刚兵谏，胆怯了几分，没有敢立即下手。刘文典等速派人送信给在南京的柏文蔚，请他火速来救陈独秀。

柏文蔚急忙自南京乘船赶到芜湖，因见龚起了杀心，不敢贸然上岸。他在船上给龚振鹏写了一封信，说：“恳求龚兄刀下留人，以反袁世凯为重任。”龚振鹏见柏文蔚低声下气，乐得下了台阶，亲自赶到江边见柏文蔚，两人握手言和。陈独秀得救后，勉强和龚振鹏拉了拉手，急急逃离是非之地，避往上海。这次逃难，陈独秀尝到了丧家之犬的滋味。此后约十年，陈独秀没有回过安庆。

“二次革命”失败后，8月27日，安徽新督军、袁世凯爪牙倪嗣冲派统领马联甲带人查抄陈独秀嗣父陈昔凡家，罪名是私藏枪弹。病中的谢氏和邵氏（陈昔凡侧室）以及媳妇高晓岚慌成一团，忙叫延年、乔年从后门逃到渌水乡老家陈家剖屋躲难。

当时，陈昔凡去世不过百日，棺木还厝在家中。光绪进士、三等侍卫马联甲不愿久留，见中堂发黄的“余桥”画，多瞅了几眼，临走抢了一些陈昔凡的古玩字画。光王石谷一人的画，陈昔凡就有“不下二百多件”，这次遭了大殃。出门时，马联甲将庆元的小儿子陈遐永带走。陈遐永与延年同岁，大月份，个子差不多高。

延年、乔年离家后，冒着酷暑往东北方向走，一路饥渴，逃往渌水乡堂亲遐文家。陈遐文的妈妈把床拉开，在床里边搭个铺，把蚊帐撑着，让他们在里面睡了三夜。陈遐文和延年同龄，延年、乔年避难住在他家，大人愁容满面，忐忑不安，遐文却满身是劲，不时地跑进跑出，替延年、乔年传递消息。晚上，陈遐文带着延年兄弟俩到村外塘边玩耍。延年兄弟白天关在家里，正闷得慌。晚上，他们出门观赏乡村的荷塘夜色，听青蛙鼓噪，谈神怪故事，城里紧张的气氛荡然无存。