克里希那与弟弟尼亚很亲，他们的资质却十分不同。尼亚的智力极高，在他会说话以前，就知道拿小石板和铅笔跟着孩子们去上课了。克里希那穆提的身体则非常虚弱，一次又一次地饱受疟疾之苦。有一段时期他经常抽筋，他的鼻子和嘴也经常流血，所以一整年都无法上学。

克里希那穆提对学校的课业没有多大兴趣，却喜欢花很长的时间观赏云朵、蜜蜂、蚂蚁、各种昆虫以及那一望无际的旷野，他的老师形容他多病而智能不足。他很迷糊，不爱说话，对于世俗的琐事缺乏兴趣，眼睛老是凝视远方，好像在遥望地平线的彼岸，这些都使他的老师误认他是个智障儿童。

克里希那穆提虽然看起来迷糊，他对所有的机械装置却极感兴趣。有一天他没去上学，他的母亲发现他一个人躲在房里，全神贯注地拆着一个时钟，他不肯离开这个房间，也不肯吃饭、喝水，直到把整个时钟拆了，而且了解它是怎么运作之后，才把它恢复原状。

克里希那小时候非常依赖母亲，母亲也似乎知道儿子的特殊本质。1905年桑吉瓦玛去世了，她的死留给克里希那一片茫然与哀伤。多年之后，也就是1943年的夏天，克里希那正在欧洲，突然决定开始写自传，他替这本书定名为《我的五十年人生》。他准备随时加添新鲜的事件，如果能写到1945年，这本书就名正言顺了。不幸，这本传记写完几页便停止了，留下一些简短的手稿，却意外地说明了他早年对于母亲的一些感受。

十八岁的时候，他对童年的记忆仍然十分鲜活，手稿中有一段深刻的描述，是关于母亲死后他又看到母亲的景象。我童年中最快乐的回忆都和我亲爱的母亲有关，她给了我们所有的爱和关怀，这是印度母亲为人熟知的特色。我不能说我在学校感到特别开心，因为老师不太友善，他们给我的功课对我来说都太难了。我喜欢那些不太激烈的游戏，因为我的身体很弱。1905年母亲去世了，弟弟和我失去了一个最关爱我们的人。父亲因为事业太忙，并不怎么照顾我们。我的生活一直都和普通的印度年轻人一样，直到1908年来到阿迪亚尔为止（其实是1909年的1月）。