就架设电报线路来说，最早注意到朝鲜电报的是日本人。光绪八年（1882年），日本政府就劝说朝鲜政府，于汉城、釜山、元山、仁川等各地之间架设电线。光绪九年（1883年），日本与朝鲜订立《日鲜海底电线架设议定书》，并委托丹麦大北电信公司，架设自日本九州长崎经对马至朝鲜釜山的海底电线。中国方面知道，电报事业不仅具有经济意义，而且关系政治与军事。所以当看到日本架设日朝电线时，中国开始紧张起来，李鸿章遂令督办电报局的盛宣怀等研议筹办中朝电报事宜。光绪十一年（1885年），中朝订立《中韩电线条约》，该约规定：中国电信局贷款十万两予朝鲜，架设一陆路电线（由奉天凤凰城经义州直达汉城，称义州线）……最值得注意的是明文规定架设后二十五年以内，朝鲜不得允许他国政府或公司，在朝鲜境内另设水陆电线。至于电线一切事宜，则全由中国代管，嗣后朝鲜政府如欲扩充或增设，亦须由中国电局承办。日本对于义州线的架设大表异议，驻朝鲜署使高平小五郎于得悉“海镜号”船上一批中国电线技术员工抵达朝境之后，即以朝鲜政府违反《日鲜海底电线条约》为口实，向朝鲜政府提出抗议。最后，日本提出补偿因义州线架设所造成的损失，并另建汉城至釜山的京釜线。在袁世凯的干预下，日本与朝鲜再次订约--《日鲜海底电线条约续约》，续约明确朝鲜境内电线“任朝鲜政府自行架设”。随后，袁世凯不顾日本的反对，迫使朝鲜外署出文邀请中国代办。这样，中国实际掌控了京釜线的架设权。京釜线与义州线一样，也由中国出资，朝鲜分二十五年偿还，并且管理人员均由中国电局选派。这样一来，日本想控制朝鲜电报线路的计划落空，很是不甘心，对袁也多为气愤。

采矿之争，袁世凯与日本也争锋相对，结下心结。日本对朝鲜的采矿最为积极，壬午事变前，日本就曾向朝鲜提出采矿建议，但朝鲜因担心技术等问题，没有同意。壬午事变后，日本向朝鲜提出采矿权，作为“赔偿金”之一部分，但未实现。光绪十年（1884年）前后，当各国都纷纷放弃在朝之采矿权之际，独有日人伊藤尔次郎在汉江流域取得采金沙之权。后来，日本又借《汉城条约》，向朝鲜进一步要求采矿权。袁世凯在朝期间，多次阻止日商在朝采矿。日使不满袁世凯的干预，转而偏袒、保护日商。日使尾山鼎介，甚至日外务井上大臣也亲自为日商的采矿权斡旋，怂恿日商入朝采矿，遂日商在朝采矿权得到巩固。

在发展渔业上，中日在朝鲜也展开了角逐。朝鲜三面临海，沿海岛屿甚多，发展渔业具有优良的条件。但受种种限制，捕鱼业并未受朝鲜重视。相反，中国、日本在朝鲜对发展渔业甚是积极。中国的渔船大多在黄海一带，规模不大；而日本的渔船则遍及朝鲜东南部海岸。对于日本在朝鲜的大规模捕鱼，袁世凯先是采取观望的态度，但后来看到日本越来越猖狂，不断有渔民纠纷发生，特别是日本在济州岛捕鱼猖獗，朝鲜渔民常受日本捕鱼者欺凌时，袁世凯遂极力反对，要求日本停止在济州岛的捕鱼作业。1890年，日本口头答应停止在济州岛捕鱼，但同时向朝鲜提出，允许日本扩充釜山租界；于全罗道择二三小岛设栈，供日渔民之用，稽征其地租；在全罗道择地开港等三项要求。对于这三项要求，袁世凯都表示反对。袁世凯认为釜山港乃朝鲜天然屏障，是海防要塞，关系朝鲜安危大局，千万不可租给日本；日本政府指明要在全罗道择二三岛屿设栈，目的是想乘机占领这些岛屿，朝鲜也万不可答应；开放口岸，更是居心不良，也不可轻易而动。袁世凯还写了《朝鲜日本商办换停济州渔采论》一文，告诫朝鲜政府万不可答应日本的这三项无理要求。经袁世凯干扰，最后日本的这三项要求夭折。日本对袁世凯更为不满，甚至恨之入骨。