9 月27 日，仓央嘉措一行来到了当年五世达赖喇嘛居住过的聂塘扎西岗。这时，丹增达赖汗、第巴桑结嘉措等率领蒙、藏僧俗官员及三大寺代表1000 多人前来迎接。他们向仓央嘉措敬献了哈达、无量寿佛像、长寿经咒、殊胜塔等礼品。

28 日，仓央嘉措再次与五世班禅会面，并共同在聂塘扎西岗居住近一个月，除诵经、讲经、摩顶等法事活动外，还同第巴桑结嘉措等共同商定了前往拉萨的路线、时间及坐床仪式等事宜。

10 月24 日，迎请灵童的马队继续前进。中午时分，康熙帝的使臣章嘉呼图克图及扎萨克喇嘛等带领百余人前来迎接，同时赶到的还有哲蚌寺的仪仗队。当天，大队人马夜宿姜塘岗的吉赛鲁定。

1697 年10 月25 日，由第巴桑结嘉措引香带路，即将年满15 岁的仓央嘉措被迎至布达拉宫噶当姆其寝宫内少憩后，来到布达拉宫司西平措大殿。经过消灾、驱邪、沐浴等仪轨后，登上无畏宝座，举行了隆重的坐床典礼。

典礼之后，扎什伦布寺的总管洛桑贡布代表五世班禅敬献了珍奇宝物、绫罗绸缎等大量贺礼。章嘉呼图克图呈献了皇帝封诰、贺礼和敕书，并授予封文，正式认定仓央嘉措为第六世达赖喇嘛。

西藏三大寺的住持、活佛、各级僧俗官员、民众代表及青海蒙古代表等参加了庆典，敬献贺礼。这天下午，在德央厦广场上，举行了跳神和歌舞活动。晚上，为纪念当天宗喀巴大师忌辰，已成为六世达赖的仓央嘉措到布达拉宫神殿朝圣，并在自在观世音佛像前同僧众一起进行了祷告。

30 日，五世班禅从扎什伦布寺来到拉萨，在布达拉宫传授佛法，并讲述五世达赖喇嘛的生平及其为西藏佛教和众生的幸福所作出的巨大贡献，鼓励仓央嘉措效法前世，勤奋学习经典，弘传佛法。五世班禅的授课，也拉开了仓央嘉措在桑结嘉措的监督下继续更严格的佛法研习的序幕。

根据历史文献记载，仓央嘉措的经师主要有五世班禅罗桑益西、甘丹寺大法座卓尼· 楚臣达杰、格隆嘉木洋查巴、阿里格列嘉措、德东日甸林巴等人。据《仓央嘉措传》中引述仓央嘉措自己的回忆，第巴桑结嘉措对他的学习要求十分严格，仓央嘉措有时厌学而去散步，经师们都尾随在后，反复恳求他坐下听经， 唯恐第巴追究责任。

仓央嘉措相继学习了众多佛教经典，如《根本咒》、《秘诀》、《供咒经》、《续说》、《生满诫》、《菩提道广略教诫》等。为了培养仓央嘉措，第巴桑结嘉措还亲自讲授了梵文音韵知识。桑结嘉措本人十分博学，精通五明医药及历算、建筑等，著述颇多。据说卷帙浩繁的《甘珠尔》仓央嘉措先后学过三遍，第一遍就是由桑结嘉措亲自讲授的。

坐床两年之后，第巴桑结嘉措又指名几位著名格西（藏传佛教高阶学位，相当于博士）担任侍读，指导仓央嘉措系统学习佛教因明学、诗学和历算等典籍。所学内容不分派别，诸如萨迦、格鲁、宁玛等各种有成就的经藏、密咒、教规等无所不学，并轮流到拉萨三大寺等地讲经说法。