显然，拉藏汗不甘心做像他父亲达赖汗那样的傀儡，这注定了他和第巴桑结嘉措之间争斗残酷。事实上，这两个人的明争暗斗，正是从1703 年拉藏汗即位不久后开始的。少不更事的仓央嘉措，成为双方争相利用的工具。

关于这一时期仓央嘉措的种种“荒唐”行径，同时期享有盛誉的勒隆协巴多吉喇嘛传记《勒隆吉仲洛桑陈来自传善缘喜筵 》中记载说，他年幼时曾向六世达赖献胎发，“??圣尊身穿一件浅蓝绞子薄藏袍，头发垂至耳下，手指满戴饰品。左右随从穿着不伦不类，佩戴箭筒??”

另据文献记载，仓央嘉措在布达拉宫内“身穿绸缎便装，手戴戒指，头蓄长发，醉心歌舞游宴”。　　不过，对于后世根据其诗歌的文学描写胡猜乱测的，所谓仓央嘉措夜晚溜出布达拉宫、混入民间寻欢作乐的传说，实际上是颇可存疑的，估计应该是民间的渲染和夸张。

有专家指出，达赖身边随时有四个随从片刻不离地陪伴左右，好像他的影子一样，叫“影子堪布”。当时为了防止大臣们懒散放荡，达赖早朝的时间都很早，他怎么可能跑出布达拉宫偷情呢？一个普通人不但不能期望与达赖喇嘛有什么个人交往，就连听到他声音的机会都很少，他又如何能够四处留情呢？所以，有人分析认为，即使仓央嘉措部分诗歌中表达的情爱有一定的个人生活的影子，那也应该限定在一个并不太长的时间段内，最有可能的，就是在找班禅大师退还所授沙弥戒之后。

为了在和第巴的权力争斗中得到六世达赖喇嘛的信任，拉藏汗显然对沉迷俗世游乐的仓央嘉措采取了怂恿和姑息的态度。根据有关历史文献，第巴曾经向与他关系非常亲昵的青海亲王扎西巴图鲁使者萨罕其布说：“前世达赖喇嘛在世时曾有训示，一切事情我自专办理。如今，这辈达赖喇嘛、拉藏二人凡事不让我管，欲退官复不准。今非昔同，日子不好过矣。”

萨罕其布也在有关文字中说：“看得第巴日子过得似很艰难。达赖喇嘛转世、第巴、拉藏相互不合，事不让第巴管。”

在矛盾公开并不可调和之后，第巴遂生毒害拉藏汗之念。萨罕其布等人在奏报等文献中记载，1704年夏天，拉藏汗被第巴下毒之后，为哲蚌寺郭莽扎仓住持嘉木祥活佛治愈，身体好转后移居达木（今西藏当雄）疗养，伺机报复。1705年正月十五日，暂时赢得上风的第巴又假托达赖喇嘛之命，试图驱逐拉藏汗离开西藏。拉藏汗逃至喀喇乌苏（今西藏那曲河）一带，稍事休整，带领从各地调集的蒙古大军进攻拉萨，与第巴率领的藏兵在拉萨附近交战三次，击败第巴兵，斩近百人。后经仓央嘉措调解，第巴同意交出清朝所颁给的印敕，避居日喀贡噶尔城（今西藏贡嘎县境内）。

但是深谙“宜将剩勇追穷寇”的拉藏汗很快将第巴擒获并借机杀死。据推测，第巴受害时间为1705 年9 月6 日。　　后来的官方史书《清圣祖实录》简略补记此事云：“先是，达赖喇嘛身故，第巴匿其事，构使喀尔喀、额鲁特互相仇杀，扰害生灵。又立假达赖喇嘛，以惑众人。且曾毒拉藏，因其未死，后复逐之。是以拉藏蓄恨兴兵，执第巴而杀之。”

《王公表传》中“西藏总传”关于这次事件的记载是这样的：“达赖汗卒，拉藏嗣。第巴恶之??第巴计毒拉藏，不死，以兵逐。拉藏因集唐古特众，执杀第巴。奏至，封翊法恭顺汗。”