关于仓央嘉措一度流连酒肆、行为放荡的风流韵事，后世研究者历来多有争议，但如果仅仅据此就把仓央嘉措在其他方面尤其是他后半生在文化发展和宗教弘扬方面的巨大功绩一笔抹杀，那是非常不公平的，也是不符合历史事实的。仓央嘉措出生的门隅地区向来以信仰宁玛派即红教为主。这一教派相当于最原本的藏传佛教，其僧人相信，佛祖从来没有限制过你做这做那，佛祖教人的就是解脱，而解脱的道路不止一条，要看个人的缘法。比如，有人在寺庙附近吹奏乐器，有人说清修之地怎能有俗声，但也有人认为入世才能更好地出世，所以这种音乐反而是更好的“修习工具”。

宁玛派不重戒律，强调现世成佛，自我速成，自己修身得道。而后来的达赖、班禅所属的格鲁派强调渐进渐悟，强调要经过累世的修行和积累，所以，强化僧团组织才有可能兴盛并政教合一。宁玛派的喇嘛甚至可以结婚。格鲁派的僧人虽然不能结婚，但一般来说，出家的喇嘛也不会看不起在家的喇嘛。

有人甚至认为，仓央嘉措的骨子里更多的是宁玛派的传承。有专家引述《隆多喇嘛全集》和《秘传》（指《仓央嘉措传》）的记载，说他是宗教世家、宁玛派传承。比如，《秘传》不仅提到仓央嘉措的宁玛世系，还具体说到他研习宁玛经典的情况：“总之，凡一切藏土所有的教派如萨迦、格鲁、宁玛等，其能所熟之灌顶以及能解脱之传授、经教、密咒，等等，无论显密，不分流派，全都加以闻习。”

著名藏学家于乃昌先生认为，根据史料所记，五世达赖本人也奉行红教密法，并有论述红教传统的著作传世。五世达赖对桑结嘉措有一定的影响，而第巴桑结嘉措是五世达赖传统的坚定的维护者，也是选择六世达赖的决定性人物。鉴于他的思想倾向，“他在红教世家中选定信仰红教的仓央嘉措为新达赖是不足奇怪的”。

德国人H. 霍夫曼所写《西藏的宗教》引述大卫· 德尼尔的论证也说：“仓央嘉措很显然是被传授了一些密法，这允许他甚至是鼓励他过一种在我们看来是放荡的生活。这种生活对一个不学密法的人说来的确意味着放荡。”

作者还举出在清朝档案中有一份准噶尔王子旺拉布登（即策妄阿喇布坦）给康熙的信件。这封信责难六世达赖和桑结嘉措支持宁玛教派。信中还控告这位年轻的达赖不仅在拉萨木鲁寺，甚至还在布达拉宫的那个扎仓举行红教仪式，在大昭寺寺内亵渎觉卧佛，在上述两个圣地内树立佛像作为射箭和穿刺的靶子。据说准噶尔王的使者曾经亲眼见到上述情形。

关于策妄阿喇布坦上书清廷，对第巴桑结嘉措和仓央嘉措的指责，在《清圣祖实录》和魏源的《圣武记》中均有记载。《圣武记》卷五记载：“策妄疏曰：??（五世）达赖圆寂之后，第巴匿之不宣??而自尊其身，别奉红教喇嘛谓即达赖化身，诈传法旨，扰乱诸部。”

无论如何，仓央嘉措名义上是藏传佛教格鲁派的最高领袖，也是全藏的法王。格鲁派是藏传佛教诸派中形成最晚但戒律最严的一个教派，“格鲁”在藏语里的意思即是“戒律精严”。不过，作为大乘佛教，格鲁派尽管有戒律，但也认为为了众生的根本目的，可以变通采取各种方法，包括为了惩恶扬善的杀戮等，认为教化和榜样引导不是唯一手段。

在佛教界，一直以来都有一种意见，认为戒律只对小乘教徒有约束，而大乘教徒要从轮回中解救灵魂，应该享有权巧方便，有更灵活的方式。所以，很多人  认为，戒律的本质是为了断除恶念，而不是为了持戒而持戒。真正的戒律在人心，目标比形式更加重要，戒律从来不是死板的教条。