官方对仓央嘉措一事的草草收场明显包含政治斗争的需要。有关专家引述的《格桑嘉措达赖喇嘛传》（清代蒙文木刻本）中，就指出当时蒙古势力“青海派”伪造了仓央嘉措的圆寂，其目的是想立青海僧侣封建主察罕诺门罕家族的格桑嘉措为继任达赖，以便同蒙古势力“西藏派”的拉藏汗相对抗。而拉藏汗出于和桑结嘉措势力及“青海派”势力的矛盾，也急于另立益西嘉措为达赖。因此，宣布仓央嘉措道死青海，对当时蒙古各派势力和清朝中央政府来说，都是上策。

关于仓央嘉措于青海逃遁之说，除据信为仓央嘉措弟子在他逃遁约50 年之后所著的《仓央嘉措传》中记载之外，有关专家还引述蒙文《哲卜尊· 丹巴传》中的说法称，仓央嘉措行至青海，并没有死，而是被送到阿拉善隐藏起来了。这些说法虽然在细节上有所出入，但仓央嘉措半途逃遁最后在阿拉善落脚的基本事实却得到了印证。

对于仓央嘉措从青海遁去以后辗转各地最后在阿拉善找到归宿的事实，不但阿拉善地区长期以来有大量的物证和民间传说，而且在仓央嘉措的家乡门隅地区（在流浪中他曾两次返回）也有类似的传说存在。据多名内蒙古、甘肃等地的高僧介绍，在“文革”之前，阿拉善的许多寺庙中都有仓央嘉措的许多遗物供奉，包括已经磨损的仓央嘉措读过的经典等。在位于河西走廊的天祝寺等地方，也有人见过供奉有仓央嘉措的遗物。    上个世纪50 年代，全国人民代表大会民族委员会调查编著的《内蒙古自治区巴彦淖尔盟阿拉善旗情况》中也记载说，阿拉善旗有八大寺庙，其中著名的广宗寺（建成于1757 年, 位于贺兰山中）据说即阿旺多尔济遵六世达赖的遗愿所建，“内有六世达赖的遗体，供于庙中七宝装成的切尔拉（塔式金龛）内”。另当地相传，当时甘肃中卫有一个汉人，因敬奉六世达赖而得子，便替他修了一座庙，即八大寺中的昭化寺。    1933 年，当时的广宗寺（亦称“南寺”）迭斯尔立特呼图克图为重建广宗寺撰写的序文中这样写道：“闻之浮屠百尺，赖众志以修成，多宝十层，伏万民而造讫。大凡佛祖宫殿类皆施主经营，鉴古观今，同一辙也。兹有本旗广宗寺供代登盖感（即‘德顶葛根’，蒙语上师喇嘛之意）佛者，系达赖喇嘛第六世真身，劝善来旗，坐化此处，肉身成佛，即地盖龛，外建大庙，香烟极盛，灵迹素昭，远近朝尊，蒙汉托庇，业已数百年??”

最早进行仓央嘉措研究的藏学家于道泉先生在上个世纪30 年代翻译仓央嘉措诗歌时，在其译作的引言中也引述当时西藏友人的话说，有关仓央嘉措走到青海湖边忽然失踪的传说，在西藏也多有流传，“??以后他从五台山到了蒙古阿拉善旗，为蒙古人牧羊，有许多羊被狼吃了，他也全不在意。他底（的）主人知道了以后，大加申斥；他乃到山中将吃羊的狼找来，领到主人面前说道：羊是它们吃的，请向它们理论罢。主人大奇，乃知他是有来历的人。日后他底（的）来历被人知道了，阿拉善旗的人以为这样慢待了他们底（的）教主，罪业非轻，乃从那事以后每年集款万余两，送往拉萨分给各寺的喇嘛，用作忏罪的布施，据说这件事至今还未废除。”

关于仓央嘉措的归宿，还有种说法是他圆寂于五台山。比如，《十三世达赖喇嘛传》中记载说，十三世达赖到山西五台山朝佛时，“曾亲去参观六世达赖仓央嘉措闭关静坐的寺庙”。有学者据此认为，六世达赖仓央嘉措被押送到内地后，被软禁在五台山，年寿不详。不过，这种说法仅存孤证，真正相信的人不多。

一个不容回避的问题是：如果仓央嘉措作为六世达赖真的活到了64 岁，那么在他生前就作为他的转世坐床的七世达赖又如何解释呢？根据藏传佛教的理论，如何解释一位达赖喇嘛在自己还活着的时候，就转世为另外一个自己？

实际上，藏传佛教认为普通人的确需要生命终结后才能转世，但达赖喇嘛并非普通人，而是已经悟道成佛的观音菩萨的化身。按照佛教的说法，任何一位菩萨都可以在同一时间化作若干身相，教化芸芸众生。如果机缘巧合，情势需要，菩萨甚至可以“化身千百亿”。这样，在一段时期内同时有两位作为观音菩萨化身的达赖喇嘛行走于世，分别向有缘信众弘扬佛法，也并不是什么特别难以理解的事情。

同时，在藏传佛教看来，一个人固然可以通过修行自己得到证悟，但最值得尊重的，乃是像观音菩萨一样在自己得道后发愿再返人间普度众生。在藏文中，活佛本源的意思，就是“再来人”之意。汉语翻译为活佛，无非是表示崇敬。活佛也要重新修行，给世人做榜样，并非一生下来就是佛。

对于像仓央嘉措这样转世到人间帮助其他人得道的菩萨来说，他们最重要的训练，就是让本性即前世的智慧记忆觉醒。一个活佛的前世和转世，虽然动机和目标是一致的，但他们并不是完全相同的人。转世者要根据具体的情况，适应当世人的“业”，以便更好地帮助他们。

根据笔者的实地走访，阿拉善地区长久以来的确广为流传着有关仓央嘉措在那里弘法的事迹，仓央嘉措的肉身灵塔据信一直到“文革”初期都还保留在阿拉善著名的南寺（广宗寺）中。现在，南寺还保留有仓央嘉措的舍利以及佛帽等多件遗物。实际上，南寺本身就是根据仓央嘉措的遗愿修建的，人们相信其庙址也是仓央嘉措亲自选定的。

1998 年版的《阿拉善盟志》第253 页记载：“1716 年至1746 年，六世达赖仓央嘉措流落阿拉善弘扬佛法，传播佛教达30 年之久。”