作为代校长，值此全校同乐、皆大欢喜之时，不得不给学生泼冷水，实在是校长脸上无光之事。蒋梦麟处境之困窘，可想而知。

1923年北大开学典礼，蒋梦麟讲话说：“学校在这种政治和经济的关系之下，竟能如期开学，是同人精神奋斗的结果。至于物质方面，可说已到了山穷水尽的地步……政府里积欠了我们8个月的经费，计有50余万，此外学校里还垫出了17万余。两项共计70余万，差不多一年的经费没有了，所以去年开学时我们说过要建筑大会堂和图书馆的计划都成了泡影。同人数月来终日奔走经费的事，忙得不得了，几乎天天在街上跑。”因为经费有限，招生人数大大削减，1923年报考北大的近3000人，最后只招了160余人。外界对北大也有各种责难。有人竟谣传要放火点了北大第一院，为防备起见，蒋梦麟决定把行政各机关移到易于防范的第二院去。

1923年11月蒋梦麟给胡适写信说：“我现在忙得‘不亦乐乎’，有几分厌倦。教育部无人负责，他校大都不死不活。京师教育事务，我首当其冲，简直是大学校长而兼教育总长。我现在买了一架汽车，天天在街上跑，真是和gasoline（汽车）有仇。”

万般无奈情况下，蒋梦麟也没有当逃兵，而是想方设法维持，“至少也要维持北大的生命，决不让它中断。”

其实这一决心在蒋梦麟1919初入北大时就已下定了的。他在给友人的信中说：“我21日（按：指1919年7月21日）到北京以来，吃了不少的苦，好像以一个人投在蛛网里面，动一动就有蛛子从那屋角里跳出来咬你。唉！若无破釜沉舟的决心，早被吓退了。人人说市中有虎，我说我任虎吞了我就罢了；没有吞我以前，我不妨做些人应该做的事。”后来他给胡适的信中也发出类似的感叹，“蔡先生致评议会函，又属我代理校长。半年的欠款，六百的饥饿的教职员，三千惹祸的学生，交到我手里，叫我怎么办！我昨晚一夜睡不着觉……到了这时候，我已失去自由，只好被人宰割罢了。”

蒋梦麟之所以能献身北大，其中原因很多，如他是搞教育出身的、北大诸多朋友的关系、蔡元培的厚爱等，而更为关键的恐怕是北大校风传统与他的教育思想契合。他热爱北大，热爱北大的青年，愿意为他们奋斗，同时实现他教育救国的理想。初到北大，他对朋友说：“（北大）教职员方面，精神一致，都天天兴高采烈地做事……学生方面更不必说了，这班青年，个个是很可爱的。并不是说空话，我实在爱他们。他们对我说，此后他们要一心尽瘁学术，定要把这个北大变成中国文化最高中心；这般青年的眼光，是很远的。我有一句话，要给在上海的诸位先生讲，北大学生是全体一个精神的，并没有分迎甲迎乙的派别。”热爱北大学子之心，溢于言表。正因为爱北大之深，发展北大之切，所以要和干涉、破坏教育的北洋政府斗争。在罢免彭允彝、五卅学潮、三？一八惨案中，蒋梦麟均代表北大出面周旋应对，最后上了北洋政府的黑名单，不得不躲藏出逃。