就在梁思成编制沦陷区目录的同时，对人类文明成果极其重视的盟军司令部，通过中方请梁思成把日本的重要文物古迹列表，并在地图上标出位置，以便在轰炸中留意并尽可能地予以保护。梁思成与罗哲文工作了一个多月才完成任务，在送交地图时，梁通过中方代表明确表示：如果对日本本土毁灭性轰炸不可避免，其他城市可炸，但京都、奈良不可为，日本民族的文化之根就存留于这两座古城之中。现在的日本民族犹如太平洋孤岛中一棵风雨飘摇、电击雷劈的大树，即将面临亘古未有的毁灭性灾难，树的枝芽可以毁而再长，根却不能再生，京都、奈良古建筑与文化，是世界人类文化财产不可或缺的一部分，必须在轰炸中特别注意，把根留住。

当此之时，此项工作皆在不为外人所知的情况下秘密进行，按照“不该说的不说，不该问的不问”这一铁打的保密规矩，梁思成与助手罗哲文完成这项任务后，又埋头于保护其他文化、文物事宜的策划之中，对自己的建议究竟落实得如何，未再过问，也不便过问。而这时由于盟军遇到日本本土日军的顽强抵抗，不得不再度扩大空中力量轰炸的力度，日本四岛，几乎所有的大中城市均被美军空投的炸弹炸得疮痍满目，著名的东京大轰炸也愈演愈烈，整座城市浸染在血与火交织的旋涡中。在接近战争尾声的3天之内，美轰炸机向东京投放了2000吨炸弹，大火三日夜，死人2万，焚屋27万幢，90万人无家可归。就在东京遭受大轰炸的同时，名古屋、大阪也遭到猛烈轰炸，与东京规模一样，也是2000吨炸弹，整个城市一片火海，其损失之大，死伤惨状与东京不相伯仲。在飞机轰鸣，弹片呼啸、烈火升腾的大失控、大混乱与阵阵惨叫哀鸣声中，几乎所有的日本人都认定，像东京、大阪这样世界瞩目的城市皆成废墟，那么，古老的京都、奈良必然面临毁灭之灾。对此，精明的日本小鬼作了最坏的打算，除了模仿中国拆迁古物的方式，把两座古城大量的珍贵文物迁移到远处深山秘藏，对极具价值的历史遗迹，特别是地面建筑，全部拆除搬迁，待战后再按原型恢复。由于建筑古迹极多，工程浩大，加之人心惶惶，拆迁工程进展缓慢。

然而，让各路小鬼感到不可思议的是，在盟军铺天盖地的轰炸中，唯独京都、奈良这两座古城，奇迹般地始终未遭到真正意义上的空袭。待小鬼们费尽九牛二虎之力把著名的京都御所整个木构长廊全部拆迁之后，战争即宣告结束，遍布于两城内的宫殿、古寺、古塔等古建筑全部得以幸免。

多少年过去了，因为知情的梁思成很少提及这段往事，没有人把京都、奈良的保全与一位中国建筑学史家联系在一起。当年随导师第一次进驻陪都重庆、却没机会饱览山城景色的青年助手罗哲文，也渐渐淡忘了自已为此挥汗绘图的情景。

1986年，罗哲文应邀到日本参加在奈良举办的“城市建设中如何保护好文物古迹”国际学术研讨会，其间和奈良考古研究所的学术部主任菅谷文则相遇。菅谷得知罗早年出于梁思成门下，1944年前后正跟梁在一起，便热情地向他讲述了二战中的一些逸闻趣事。管谷说：在第二次世界大战后期，美军在日本本土进行轰炸时，古建筑文物最多的京都、奈良幸免于难，此事可能和梁思成有极大的关系。据前年到日本访问的北京大学考古系主任宿白教授透露，梁思成于1947年到北大讲过课，在讲到文物古迹是人类共同的文化遗产时，曾举过抗战时期为保护日本的古都，他曾向美军建议不要轰炸京都、奈良，留住日本民族之根，也是世界人类文化之根的事例。菅谷此次想从罗哲文口中进一步了解事情的经过。

罗哲文听罢，大为惊讶，立即回忆起当年在重庆的情景。罗说：“到了重庆，我们住在上清寺中央研究院的一座小楼里，专门给了我一个单独的房间。先生每天拿了一捆晒蓝图纸来，让我按他用铅笔绘出的符号，用圆规和三角板以绘图墨水正规描绘。我虽然没有详细研究内容，但大体知道是日本占领区的图，标的是古城古镇和古建筑文物的位置，还有一些不是中国的地图，我没有详细去区分，但是日本有两处我是知道的，就是京都和奈良。因为我一进营造学社的时候，刘敦桢先生写的奈良法隆寺玉虫橱子的文章我就读过了，而且日本也正在和我们打仗，为什么要画在日本地图上呢？我没有多问，因为我觉得是不宜多知道的。”[53]