其实，在猪湾事件上，肯尼迪对中情局大有意见，中情局对肯尼迪更有意见，而且非常大。在猪湾事件后的调查中，中情局被问到任务为什么会失败的时候，有人在暗地里大骂肯尼迪是个杂种。它故意把自己当时的预测——据中情局当时估计，只要古巴旅一登陆，就会有2500名参加者，2万名同情者，至少有占古巴人口总数25%的人给予各种形式的支持——给隐瞒，而是责怪猪湾行动期间，肯尼迪总统在中情局的强烈要求下居然不出军队。可中情局忘了，肯尼迪早在猪湾行动前就公开说过，美国军队将不会参加对古巴的入侵。但肯尼迪当时只是这么一说，并不是真的见死不救。至少中情局是这样认为的，可肯尼迪后来发现如果出动军队将是一个严重的错误，所以，他真的如中情局所说的那样见死不救了。

中情局对肯尼迪的这一行为非常懊恼，一位中情局官员这样写道：自1949年共产党在中国掌权以来，没有哪件事像猪湾惨败对美国及其盟友产生过这样大的影响。由此之后，欧洲有了柏林墙，导弹危机发生，游击战遍及拉丁美洲和非洲——仿佛打开了潘多拉的匣子。

这就是中情局的观点，因为肯尼迪不对他们施以援手，所以，猪湾失败的责任应该由肯尼迪来负，而这之后发生的所有危机的责任也该由肯尼迪来背。

中情局俨然就像个怨妇，而肯尼迪就是那个抛弃它的男人。但是，中情局又不是一个善良的怨妇，它一面咒骂肯尼迪，一面却仍旧在对古巴进行秘密行动。对卡斯特罗的暗杀，对古巴连续发动小规模的骚扰性袭击，前面谈到的要把卡斯特罗的胡子拿到美国也是中情局的计划之一。1962年10月，中情局在没有得到任何授权的情况下向古巴派出了3支突击队。知道这一情况的司法部长罗伯特·肯尼迪大发雷霆，恨不得吃了中情局。肯尼迪总统立即做出反应，要求中情局立即停止对古巴的秘密行动，但中情局置若罔闻。罗伯特·肯尼迪后来居然动用联邦调查局的力量去袭击中情局在美国偏僻地点的古巴流亡分子训练队，这更让中情局与肯尼迪的仇恨大大增加。其实，虽然中情局经过十年的发展已经有了足够与白宫抗衡的实力，但它毕竟是美国政治的一部分，肯尼迪想要搞掉它，也不是一件难事。关键就在于，负责处理中情局的罗伯特·肯尼迪太忙了，作为司法部长，他有很多事情要忙，只能分出一点精力来对付中情局。而中情局多年以来的秘密行动几乎很少通过总统，这种习惯一旦成为自然，他们的胆子大起来，就会使用各种秘密方式来采取行动。所以，肯尼迪没有让得力的人直接控制他们，再加上他在那段时间主要把精力放在了连任上，所以，事情就很难得到解决了。