模式之争期间，吴敬琏无意间被卷入另一个着名的纷争之中，被推向风口浪尖。这次论争的双方，一个是新秀经济学者郎咸平，另一个是企业家顾雏军。争论的焦点是，顾雏军的企业是否利用改革漏洞侵吞国有资产。由于话题的敏感性，争论很快上升到国企改革方式的高度。

原本与此无关的吴敬琏被牵连进来，是因为他对“郎顾之争”的表态。由于主流经济学家对论争一时失语，媒体抛出“经济学家在干什么”的疑问。吴敬琏第一个作出回应：经济学家要坚守独立客观的立场。

吴敬琏还对《中国经济时报》的记者解释说：“如果以经济学家的身份发表意见的时候是根据生意上的利益说话，不是按照事物的本来面貌说话，就失去了基本的职业操守。”谁也没有想到，这番话被媒体曲解，这个既不炒股也不作投资，子女亲戚都不从事商业活动的老者，竟然被描摹成既得利益集团的“帮凶”，被放到了穷人和改革的“对立面”。一时间，吴敬琏遭受空前压力。

与个人声誉相比，吴敬琏显然更在意国家的前途。年近80岁的他因此又加重了一层忧虑。

进入2006年之后，“房地产暴利”、“春运价格”、“拆迁补偿”、“CPI高涨”等因经济而生的问题滚滚而来，引发持久广泛的关注和讨论。关于日渐紧张的春运，吴敬琏认为，应该从供求关系出发，上涨春运价格。这个观点提出后，立刻遭遇炮轰。一时间，愤怒而张扬的民意再次抛出“经济学家为谁代言”的疑问，将经济学家置于社会审视之下。随后爆发的经济危机更是点燃了舆论火焰。

面对公众质疑，吴敬琏坚持己见。他一再强调，媒体曲解了自己的意思。他的本意是要维护农民工的利益。政府从车票上涨的收益中拿出一部分，发放给农民工等弱势群体。这样一来，既可打击黄牛党，规范春运市场，农民工又能得到切实的好处，多方受益。但因为媒体断章取义，忽略了后几层意思，才导致公众误解。

从吴敬琏的观点可以清晰地分析出他的思路。一方面，坚持市场经济，以价值规律办事。另一方面，政府发挥公共职能，维护弱势群体的利益。政府和市场各行其是，互相配合。如果政府过多干预市场，不仅催生黄牛党、内部交易等灰色空间，也不利于底层民众分享改革成果。归根结底，要推行市场经济法治化，建立稳定健康的经济秩序。此外，这也与他一贯秉持的社会保障观点相一致。