在一个叫做圣彼得堡的小村子里,有一个寄住在姨妈家的小男孩,他的名字叫汤姆·索亚。小汤姆是个调皮的孩子,他经常逃课去游泳,在面对法官关于《圣经》的提问时也回答得驴唇不对马嘴。他讨厌自己同父异母的模范弟弟希德,却暗恋着法官大人的女儿贝基,人见人厌的酒鬼的儿子哈克贝利·费恩是他的挚友。

一天晚上,汤姆和哈克约好深夜去坟地探险。九点半以后,汤姆和弟弟希德像往常一样躺到床上准备睡觉,但是汤姆满心想的其实是深夜的约会。他迷迷糊糊睡到晚上十一点钟就轻轻爬了起来,和哈克一起趁着夜色穿行在去坟地的草丛中。

那是一个坐落在离村子外大约一英里的半山上的老式坟地。坟地周围的木板栅栏已经破败,大片墓地也是杂草丛生。一阵微风吹过树林,发出萧瑟的声响。这令两个淘气鬼心生恐惧,他们一路上只是轻轻地说过几句话。

经过一段紧张的急行,他们终于找到了一个三棵长在一起的大榆树,这个地方正适合隐蔽。于是,汤姆和哈克就悄悄地躲在了后边,静静地等着“鬼魂”出现。时间似乎停止了,除了远处猫头鹰的叫声,周围一片死寂。“难道坟墓里面没有鬼魂吗?”正在他们小声讨论世界上到底有没有鬼怪的时候,从远处的坟地那边传来一阵低沉的说话声。两个小男孩探出头去看,原来是镇上有名的酒鬼波特老头、坏小子印第安·乔和医生鲁滨逊。

波特和乔正在为盗墓分赃的事情和医生讨价还价,医生拒绝给波特和印第安·乔加价,这令乔一气之下和医生扭打起来。医生突然猛击一拳,将乔打翻在地。看到同伴被打,波特赶忙上去帮忙。倒在地上的印第安·乔迅速爬起来,眼里燃烧着怒火,抓起波特遗落在地上的刀子捅进了医生的胸膛。医生晃了晃就倒在了波特的身上。可怜的波特被弄得满身都是血,而远处的汤姆和哈克被这个可怕的景象吓坏了,他们在黑暗中跑回了家。

第二天,全镇的人都知道医生鲁滨逊被杀害了,在尸体旁还发现了酒鬼波特的刀子。镇里跟炸了锅一样,波特成了最大的嫌疑人。很快,在案发地附近,人们发现了波特。大家蜂拥而至,混在人群中的印第安·乔也趁机指证曾帮助自己的朋友就是凶手。波特百口莫辩,被关进了监狱。此时站在旁边围观的汤姆明明知道真相,却不敢揭穿。

汤姆的内心挣扎得很厉害,他内心非常惭愧,睡卧难安。内疚的心情加上调皮的行为屡屡被人识破,心爱的女孩贝基也开始生气,疏远汤姆,这让他感到人生无趣。就这样,他带着这个巨大的秘密与哈克、乔·哈帕远离人世,开始了荒岛海盗的生活。

一天夜里,汤姆任指挥、哈克划右桨、乔·哈帕划前桨,三个小海盗撑着一条小木筏,离开了圣彼得堡小镇,来到了一个不知名的小岛上。

三人蹚着海水,把随身携带的东西搬到了岸边,按照海盗的样子过生活:

打猎、钓鱼,白天在岛上探险,晚上就睡在野地里。