2001年的“9·11事件”，让华盛顿高度重视中亚。在当年的冬天，美国借阿富汗战争之机，与吉尔吉斯斯坦达成协议，租用马纳斯国际机场作为空军基地，以便为美国在阿富汗的军事行动提供支持。

这个基地位于吉尔吉斯斯坦首都比什凯克附近，主要驻扎着美国空军第376远征联队。它的主要用途是，向在阿富汗作战的美国和联军运输军人、武器和后勤供给，其飞行时间只要90分钟，而从其他基地飞抵阿富汗则需要7个小时。基地约有1000名来自美国、西班牙和法国的军事人员，另有650名来自美国和吉尔吉斯斯坦的雇佣人员。目前有大约5 1万名北约士兵驻扎在阿富汗，其中有3 1万名是美军。

2001年，美国在租借玛纳斯国际机场的同时，还租借了乌兹别克斯坦的汗阿巴德军用机场作为军事基地，但由于乌美关系恶化，美军被迫于2005年撤出。而吉尔吉斯斯坦之所以同意出借军事基地，一方面是为了打击国际恐怖主义，要知道，在2001年，吉尔吉斯斯坦加入了“9?11事件”之后成立的反恐联盟；另一方面，也是处于经济因素考量。

吉尔吉斯斯坦是一个穷国，既没有像哈萨克斯坦那样丰富的能源（水电是其主要能源），也没有像样的工业，其国民近半生活在贫困线以下，政治抗议时有发生，使其成为中亚政治最为动荡的国家之一。因此，利用其在地缘战略上的重要性，为国家获取尽量多的收益，成为吉尔吉斯斯坦政府不得已的选择。根据2001年12月4日的租借协议，美国每年要支付租金200多万美元，租期为12年。

2005年的“郁金香革命”之后，前总统阿卡耶夫（AskarAkayev）被驱逐出境，巴基耶夫当选为吉尔吉斯斯坦总统。

很快，美国前国防部长拉姆斯菲尔德就访问了比什凯克，以争取延长玛纳斯空军基地的存续期限。但是，巴基耶夫想提高租金，他想将租金提高到每年1亿2亿美元。在经过长达12个月的谈判之后，租金最终确定为每年1750万美元，但租期最终并没有确定。

根据美国国务卿赖斯和巴基耶夫于2005年10月11日在比什凯克签署的一项联合声明，吉尔吉斯斯坦认可联军加强地区稳定的作用，因此，“联军在玛纳斯基地的军事存在，可以延续到阿富汗反恐使命结束为止”。

但是，在美军与当地平民发生冲突，在一名吉尔吉斯斯坦公民被美军射杀，且这名士兵因享受豁免权而逃脱检控之后，两国的关系开始冷却，吉尔吉斯斯坦国内也开始出现要求美军撤离的呼声。

2006年，巴基耶夫给美国两个选择，要么每年加租5000万美元，要么撤离。同年7月，美国被迫同意就使用空军基地向吉方支付“合理补偿金”。按照美国中央司令部司令彼得雷乌斯（DavidPetraeus）的说法，玛纳斯基地租金提高到6300万美元，同时，美国每年还提供近1亿美元的援助资金。

但是，这个出价并没有让巴基耶夫满意。2009年2月3日，他在宣布关闭玛纳斯基地时，还曾提到“经济因素”仍是个原因。不过，基本没有人会认为“经济因素”真的起了很大作用。

有关吉尔吉斯斯坦将关闭美军基地的消息，是从2009年1月中开始流传的，很快，围绕玛纳斯基地关闭的问题，俄、美、吉三国的军政要员接连往返穿梭访问。