值得一提的是，北约并没有进行正式宣战，不过，这是二战结束之后所有战争的共性。战争于1999年6月11日结束，当天，南联盟领导米洛舍维奇接受联合国第1244号决议。

美国、英国和多数其他北约国家，都反对以获得联合国的批准作为军事打击的前提，它们认为这将瓦解北约的权威。而且，它们认为俄罗斯和中国会行使否决权，这就会导致北约无法实现自己的战略目标。但是，法国和一些其他成员国都主张，盟军的行动应该获得联合国的批准。

2001年发生的“9?11事件”，使北约在历史上第一次调用《北约宪章》的第五条，即“对一个成员国的进攻视同对所有成员国的进攻”。2001年10月4日，此条款被认定符合条件。

北约进行了8个部署以回应恐怖袭击，包括“鹰援行动”（OperationEagleAssist）以及“积极奋进行动”。前者始于2001年10月4日，是在地中海进行的海军行动，意在阻止恐怖分子或者大规模破坏性的活动，并提升地中海商业航路的安全。

刚开始的时候，北约显示了其团结的一面，但是，在一年多之后，北约面临了一场危机。2003年2月10日，法国和比利时否决默许程序，反对对土耳其采取保护措施，以防与伊拉克发生战争。德国没有动用此权利，但支持法国和比利时的否决。

在阿富汗的问题上，北约刚开始也显示了团结。2003年4月16日，在德国与荷兰的要求之下，北约同意指挥在阿富汗的国际安全援助部队，并获得19个北约国家的一致批准。指挥权的移交发生在8月11日，这标志着北约历史上第一次在北大西洋地区之外执行使命。