这样巨大的任务是怎样协调的呢？我们可以想象一下，一个拥有大量基础设施的分子级别城市。我们可以试想每一个纳米机器都是在传送带上做着自己的事情，比如在这个地方组装一些原子，把结果顺着传送带送到其他纳米机器那里去执行不同的任务。这就是在这个纳米级上的亨利·福特公司。

当无数个这样的纳米机器同时做同样的事情时(正如计算机专家所说的并行)，制造人类级别的设备将成为可能。分子模块可以用原子来制造，并且可以作为元件用来制造更大些的宏模块，然后这些宏模块再构成更大的宏模块……直到人类级别的产品被制造出来。为了进行这样的建筑系统工作，大量的分子级基础结构需要被证明是现实的或不现实的。