一生深受中国传统政治伦理熏陶，且古典文化造诣颇深的张之洞，却在1901年6月3日即奏请朝廷改革科举制度，在他与同两江总督刘坤一连衔会奏中也重点提到改革文科及罢废武科；并提倡兴办西学学校，以在10年之内渐次取缔科举。成为最早提出系统的科举制度改革思路的高级官员。同年8月29日，清政府下诏自1902年开始，按张之洞之建议改革文科及罢废武科。文科头场首试中国政治史事论五篇，第二场试各国政治艺学策五道，第三场试四书义两篇及五经义一篇，且禁止用八股文模式，书法水平高低也不再成为评判的参考因素。次年3月13日，张之洞与袁世凯再次奏请递减科举名额，以免阻碍新式学校发展。最终，促成了1905年9月2日，直隶总督袁世凯、湖广总督张之洞、盛京将军赵尔巽、两江总督周馥、两广总督岑春煊及湖南巡抚端方等六位大员上奏立废科举之事，朝廷从其议，千年科举制至此完全取消。一个出身科举，并在科举体制中受惠的既得利益者，最终成了埋葬这种制度的掘墓人。