1902年1月，袁世凯被委派为接收关内外铁路督办，8月又担任了督办津镇铁路大臣。他荐举唐绍仪兼督办京汉、沪宁铁路大臣。后来唐又将梁士诒引入袁世凯幕府，前后担任铁路总文案，京汉、沪宁、正太、汴洛、道清五路提调、铁路总局局长等职。1907年，梁士诒又经手创办交通银行，把轮、路、电、邮四政从金融上统制起来，扩充了国家的经济实力。

1902年，袁世凯委派周学熙筹办银元局，从此周学熙开始了他的经济活动生涯，以后他在直隶及北方地区办多家企业获得成功，以至时人将其与张謇并称为“南张北周”。

直隶工艺局的创办，也是袁世凯在新初期从事近代实业的另一重要内容。1903年3月，袁世凯再派周学熙赴日考察工商业。回国后立即被委派创办了直隶工艺局，力图“招全省工学界之枢纽，以创兴实业”。到1907年11月，直隶所属地区的工艺局和工厂，开办者达六七十处之多，形成了中国北方实业的雏形。

但在1904年收回英商骗走的开平煤矿活动中袁世凯并未获得成功。

庚子事件中，英商从开平矿务局督办张翼手中，以极低的代价“买”去了开平矿务局和唐山水泥厂，实属商务欺诈行为。战争结束，中方方才洞悉。1904年10月，张翼到伦敦法庭起诉英商，由于当时英国海军迫切需要东方煤业基地，迫于英国政府与军方的压力，法庭虽然承认英商有欺骗行为，却仍将煤矿判给英商。在袁世凯的背后支持下，周学熙提出了部分收回权益的提案，也就是先收回唐山水泥厂，经过一再的交涉和抗争，唐山水泥厂终于回到中国人自己手中，并改名为“启新洋灰公司”。该厂此后生产的马牌水泥被用于辅仁大学、燕京大学、大陆银行、交通银行、上海邮政总局等有名建筑，垄断中国的水泥市场达14年之久，销量占全国水泥的92%以上。但是开平煤矿的经营权仍被英商霸占，并在煤矿周围进行勘查，企图开设新矿扩大经营。为遏制英商的扩张行为，袁世凯于附近区域建立滦州煤矿，利用行政力量将开平矿区四周有煤层的地区全部划入滦州矿区。直隶各界人士一方面对英商行为发起抗议，另一方面对滦州煤矿积极支持，纷纷投资入股，使滦州煤矿有了充裕的资金源流。

为了使本国工商业不受外洋的压制，袁世凯还提出了贸易保护政策，要重征洋货之税，轻收本国之税。对于商务也应即时整治，才能达到“内之而生计不忧终窘，外之而利权不尽旁倾”的目标。袁世凯当时对于山东省英德人的侵蚀，深表忧虑，担心利权进一步失落，因而他在山东省整顿金融，抵制外国货币的侵扰。他还专门对本国的产品实行了免税政策，以增强本国工商业竞争力和生存力，抵制外资的侵损。 

詹天佑主持修筑的京张铁路在中国铁路建设史上具有重大意义，在这一活动背后，袁世凯不仅是发起人，而且从始至终一直是坚定的支持者。

但应该注意到，在这一阶段，即使非政治层面的改革，袁世凯在基层所实行的革新也不是平衡的，在大多数县里，因为财政和现实的束缚，教育、警察和经济改革很少能够做到同时进行，很多只是实行了其中的一项而已，但从改革需要渐进操作的意义来说，他的改革措施又是成功的。

在实施过程中，袁世凯不但提高了基层官员的行政管理能力，还十分注意争取地方士绅的理解与支持，使这些传统社会的有名望者乐意与官员们一道从事改革活动。在合法化的前提下，在近代化的名义下，取缔保甲、团练这样一些非正规的警察和武装组织，以近代的警察和新军取而代之，那些对社会动乱记忆犹新的地方精英们满意改革所带来的相对安定环境；袁世凯所进行的教育改革和倡导，又先于全国其他地方，为士绅们的子女提供了接受近代教育的机会，因此这些士绅和他们的追随者也愿意忍受为此付出相应的代价；大量创办实业、与外国企业争利，不仅为家境殷实的人们提供了新的投资渠道、获利机会，而且为袁世凯赢得了很大的社会名望和政治优势，这种名望北京会关注，在民间也赢得了不少的拥护者。就这样，他的一系列措施不仅扩大了自身在地方士绅中的声望，而且受到朝廷和地方同僚们的推崇和效仿。袁世凯在直隶的改革和也被《东方杂志》等报刊广泛报导，在全国得到广泛的宣传，甚至为他在辛亥革命期间获得全国范围的地方精英分子的支持打下了基础。 

在清政府眼里，袁世凯代表着地方督抚，在地方任上，他又代表着中央政府，袁世凯又能较好地激发县级官员的政治积极性，地方精英的政治热情也被有序地引导。在这一时期，社会各阶层的人们同样面临着西方列强不断增强的压力，四者之间不但没有出现大的协调危机，还一度呈现信任增加的迹象。这就为下一步的政治改革即立宪运动推行创造了积极条件。

唐德刚列举袁世凯在立宪运动之前的建树时，称之为“袁世凯的变法改制”，断言：“袁毕竟是近代中国数一数二的治世能臣。”