孙中山在1900年的上海之行没有取得任何实质性成效。9月25日，孙乘轮船由神户前往台湾，船过马关的时候，他与日本玄洋社头目平冈浩太郎会谈，孙中山谈到日本政府对自己的冷淡，平冈直接了当地说：“因为先生对日本上无任何贡献。”

9月28日，孙中山抵达基隆，并与平山周一起来到台北，与台湾总督儿玉源太郎的代表进行会谈，总督代表承诺可以支持孙中山的起义。随后，孙中山在台北成立了指挥机关，并且聘请日本军人加盟，还命令郑士良于10月8日在广东惠州发动武装起义，由台湾出发的革命军的登陆地点最初定在厦门以南的铜山港。但是，日本人很快改变了原来的许诺。10月2日，日本外务大臣致电日本驻福州领事：“台湾总督已经下令，打电报通知他们可能达到的港口的日本领事。他们或许已经到达中国，即使没有上述电报，万一他们中的一些人到达你的地区，你要严密监视他们的举动，并且做出最大的努力，阻止他们。”一周之后，山县有朋内阁辞职，继任的伊藤博文内阁对革命党人采取了冷淡的态度。