1904年春天，孙中山第二次去美国，刚到檀香山，就改组《檀山新报》为党报，向保皇会的《新中国报》展开宣战。革命党虽然与洪门宗旨相同，但洪门习惯上认为结盟过才是手足兄弟。孙中山由于首次赴美时没得到洪门的帮助，这次准备吸取这个教训。为了联络多数同志，孙中山决定立即加入洪门，来壮大革命党势力。于是由洪门叔父钟水养介绍，孙中山毅然加入檀岛致公堂，那一天拜盟的有六十多人，由主盟员封孙中山为洪棍。洪门会职位，按照惯例分为三级，元帅称洪棍，军师称纸扇，将官称草鞋。孙中山领导革命多年，光荣获得洪棍的尊号，自认为当之无愧。又根据洪门惯例称曾起兵讨伐清朝的首领为大哥，所以此后洪门人士对于孙中山，都称呼为“孙大哥”。

不久孙中山从檀乘船前往旧金山，在檀香山的康有为门生陈继俨等人不满孙中山打击保皇派，预谋让旅美的同党设法阻止他登陆，于是在旧金山税关华人通事工作的保皇会成员，就指孙中山所拿的美国籍护照是假的，孙中山因此被困在船上一夜，第二天被移送到安琪儿岛木屋移民候审所，拘留一整天。先前旧金山致公堂得到檀岛致公堂电报，说孙中山某日乘某轮来美，嘱付要郑重接待，致公堂大佬（会长之称）黄三德，英文书记兼《大同日报》司理唐琼昌等届时到船埠欢迎，才知到被保皇会暗算，十分激愤，于是邀请美国律师那文（现任国民政府铁道部顾问）致电给华盛顿政府抗争，并用五千元向移民局保出候讯。不久得到华盛顿政府回电，认为护照是真的，下令放行。孙中山被放出木屋后，受到洪门人士优待，致公堂职员认为保皇会勾结关员，诬陷同胞，非常不满。当时欧榘甲正主持《大同报》的笔政，认为孙中山到美国，会引起利害冲突，于是在报上发表文章排斥他，声称洪门接受孙中山是不明智的。黄三德、唐琼昌，于是革除欧榘甲总主笔的职位，请求孙中山推荐留日学生继任。孙中山认为致公堂会员占旅美华侨的大多数，由于团体涣散，主张分歧，不能帮助祖国革命，于是提出洪门会员应按照新的规则举行总注册的建议，并亲手制订致公堂新章规程。

筹饷局成立之初，孙中山提议先汇款一万元给黄兴，作为筹设暗杀机关的经费。黄兴对于黄花岗起义（又称广州“三·二九”起义）失败很是愤慨，决计亲自进入内部刺杀满清一两个官员，来长革命士气。经过孙中山等人再三劝他不要亲自冒险，才允许另派党员实施任务，并要求美洲同志提供这项行动经费。所以孙中山命令各同志按时筹汇此款，满足暗杀需要，筹饷局于是遵偱命令立即电汇黄克强港币一万元。两月后满族将军凤山在广州被炸死，就是黄兴所设立的暗杀机关所为，孙中山又联合用革命党本部孙文及中华革命军筹饷局会计李公侠两个名义，发行了一种“中华民国金币券”。该券的反面最初拟用英文孙逸仙（SunYatSen），遵照孙中山自己的意思， 后来改用"SunWen"。孙中山承诺凡是帮助提供美金五元以上的，革命成功之日降得到加倍回报，并承诺该金券在民国成立时可作为国家法定货币流通使用。革命筹饷局还议决派出孙中山、黄芸苏、张霭蕴、赵煜四人分赴美国南北各大城市进行演说筹饷。