赖普汉把看到的情况告诉了蒋介石，因此当辽沈战役吃紧，蒋派顾祝同前往沈阳调度军机时，特别提出要他到90兵工厂看看，并传达从该厂抽调技术员工5000名，由陈修和负责，携带重要设备赴台湾建分厂的意向。

顾祝同遂带联合后勤司令部参谋长吕某同往沈阳，吕某向陈修和下达了破坏工厂迁走设备员工的命令，还声色俱厉地说：“违抗命令，以资敌论处。”

陈修和说：“我们在异常艰苦的环境下恢复、维持工厂，供应军队，我当厂长，只能建设工厂，接受不了破坏工厂的命令。”最后，竟与吕某拍着桌子争执起来。

第二天，陈修和带着顾祝同参观工厂。他边走边对顾说：“你看工人们还在搞扩建，我怎么执行破坏的命令，工人们不要打死我吗？”

临离开厂时，陈修和又说：“沈阳若是放弃了，这个战事，还能打下去吗？如果不能打，与共产党讲和，不是更好吗？”顾祝同苦笑而言他。

顾祝同返回南京，把陈修和的态度告诉蒋介石，蒋又派邓文仪来说服陈修和。邓文仪说：“校长对你在沈阳做出的成绩很满意，想叫你回南京主持兵工署的工作。迁厂和破坏工厂的事，由联勤总公司郭忏处理。”

陈修和心想：自己一走既顺理成章，又无危险，况且家眷已在上海。但蒋氏发动内战不得民心，其腐败统治行将溃败的历史趋向已日渐明显，因而萌生了将兵工厂保留下来，不使之再为内战服务的念头。

郭忏来沈阳后，一见陈修和面就指责道：“你为什么把兵工厂扩充得这么大？为什么违抗命令，反对吕参谋长？”陈修和回答说：“我在沈阳，要听熊式辉、陈诚两主任和卫立煌总司令的命令，他们坚决要我恢复发展生产，支援战争，我能抗拒吗？我当厂长，只能建设工厂，破坏工厂是另一个单位的事，但没有卫总司令的同意，谁也不能执行，你去同他商量吧！”

陈修和知道：卫立煌等将领与蒋介石对东北战事的部署指挥情绪抵触，同时东北蒋军的大量弹药靠90兵工厂供应，他是不会轻易让工厂被毁和他迁的。

果然，经卫立煌干预，郭忏只得同意工厂设备、员工的迁运由东北的空军来办，破坏工厂的事则由工兵司令去办，厂长协助执行。决定之后，工兵司令随陈修和到工厂转了一圈，应付了郭忏，便不了了之。

解放沈阳的炮声越来越近了，南京方面派专机接卫立煌，许多人催劝陈修和离开沈阳，他却一再借故推托。蒋介石亲派接陈修和的专机终因解放军入城，未敢降落就掉头返回。据说蒋得知陈修和最终没有同其他将领回到他身边，曾反复念叨：“陈修和为什么不回来，为什么不回来？”