1935年2月，在国民党当局的一次大搜捕中，黄文杰、上海中央局组织部长何成湘、宣传部长朱镜我、文委书记阳翰笙等三十余人同时被捕，上海地下党组织基本被摧毁。在关押处，黄文杰要求所有被捕者在任何情况下都不能暴露自己的身份和党的机密，只有在牺牲之际才可喊“共产党万岁”。

国民党的法庭判了黄文杰15年徒刑，将他囚禁在南京中央军人监狱，和周惠年的第二个丈夫李得钊在一起。国共实现第二次合作，八路军在南京设立办事处后，黄文杰很快被保释出狱，留办事处负责组织工作并兼管营救被监禁中共人员工作。1937年9月26日，他从南京中央军人监狱接出了陶铸、曹瑛、赵希愚等人。

同年10月，驻南京的办事处迁至武汉，改为十八集团军办事处，周惠年等出狱人员随黄文杰等办事处人员同往武汉。不久，中共中央派王明、周恩来、董必武、叶剑英、邓颖超等组织中共中央驻武汉代表团，又称中共长江局。黄文杰初任组织部副部长，后任长江局秘书长。

此后，黄文杰常以特派员的身份前往广东、湖南等地工作，参与了长江中下游、华南地区的中共组织的组建和机构设置的筹办工作。1938年春夏期间，时任十八集团军参谋长的叶剑英在湖南衡阳主持举办南岳游击训练班，请精通俄语的黄文杰来协助工作。黄文杰将苏联出版的苏联游击战术教材统统译成中文，供叶剑英使用，丰富了教学内容。

在湖南期间，黄文杰收到在国民党一五二师政治部的中共地下党员黄集发的来信，信中汇报了冯白驹被捕后海南岛琼崖地区的斗争情况，并提出到中共控制区工作的希望。黄文杰认为他留在国民党军中从事地下活动更为有利，就复信进行说服，并告诉他如何同叶剑英、廖承志等联系。后来在敌营中的黄集发侦知了国民党一五二师企图吞并琼崖抗日武装的预谋，立即设法通知了叶剑英、廖承志，中共及时做出对策，保持了这支抗日武装的独立。

黄文杰为党的事业不辞劳苦、忘我工作的精神，赢得了跟他在一起工作的周惠年的爱慕，他们结了婚。

结婚并未使黄文杰的生活安稳，反而因形势的发展变化，他更加忙碌了。和前两个丈夫在一起时一样，周惠年与黄文杰也是相见时难别时频，很少能过上正常的夫妻生活。

1938年仲秋，为了应付广州即将沦陷的危局，黄文杰又一次以特派员身份前往广州。他一抵穗即与广东省委代理书记李大林召集紧急会议，做出省委机关迁往粤北，成立中共西南、东南特委，省委常委分赴各地分片领导，广州市委组织部长陆新带领部分党员从事地下斗争四项重要决定。直到日军进入广州城前几天才撤往粤北，并在韶关组建了八路军驻韶关办事处，以领导广东各地的抗日战争。