在这场围绕“天皇机关说”展开的斗争中，裕仁天皇按照惯例始终躲在幕后，没有公开发表意见。但他在私下的议论，却颇为耐人寻味。当时，担任裕仁天皇侍从武官长的本庄繁在其日记中记下了裕仁天皇的观点：

为了要抨击“天皇机关说”，把我置于绝对的地位，这使我在精神上和肉体上都感到有负担。总之，如将天皇看成是掌握国家命运的首脑，将其他人看成服从首脑的命令而行动的手足的话，这就同美浓部等人的根本观点没有多大区别，不能认为违背我国国体。只是美浓部等人所说的评论诏敕之类的话，以及议会竟然对天皇命令也可以不遵从之类的说法和“机关”二字的字面本身，似都不妥。

从裕仁天皇的谈话来看，他似乎对消灭“天皇机关说”不以为然，尽管他也认为一些观点不妥。但他在同侍从长铃木贯太郎的交谈中又说道：

主权在君主还是在国家？这个问题可以争论。光从感情出发，争论机关说是好还是不好，那就没有意思了。我个人认为主权比之于在君主，不如主权在国家。因为主权在君主，很容易陷入专制。像日本这种君主和政权一体的国家，提出“机关说”是有道理的。尽管对美浓部的学说有各种各样的看法，但他决非不忠。今天像美浓部这样敢于提出问题的人，日本又有几个？断送这样的学者，那是十分可惜的。［日］河原敏明：《天皇裕仁的昭和史》，文艺春秋社，1983年，第147页。

对天皇的这种态度，本庄繁作了如下解释：“军部不涉及学说，只是作为一种信念，绝对不要在军队内引进有伤崇高的我国国体和有害天皇尊严之类的言行，那种所谓议会中心、评论诏敕、议会无须遵从天皇之命一类的说法，是与军部的意见水火不相容的。” 裕仁天皇对本庄繁的观点予以了肯定：“所谓信念，它是超越社会上的宪法学说而存在的，因此上述观点当然是恰当的。”

裕仁天皇的这段话表明，他虽然认为“机关说”并不坏，但同时又肯定了作为军部“信念”的专制天皇主义可以超越宪法而存在。因此，他的观点实际上与右翼势力的观点是一致的。