进入翰林院的张居正，虽然位居闲职，但时刻没有忘记自己的政治理想。作为一个有着远大抱负、心怀天下的年轻人，他渴望能在仕途上有一番作为。但当时他苦于自己只是一个微不足道的新科进士，在政治上没有地位，只能一面心忧天下，一面等待时机报效国家。可是，当时嘉靖皇帝在巩固了自己的政治地位后，就开始醉心于享乐，一心沉迷于道教，张居正对此非常担心。无论是为了国家，还是为了自己，张居正都感到很有必要让皇帝和严嵩看到自己的才华。所以，他决定上疏，提出自己的改革主张。

张居正知道在当时上疏指责朝廷要冒很大的风险，不仅可能丢了刚戴上去的乌纱帽，严重的话可能还会丢了自己的性命。嘉靖王朝著名的“三杨事件”不得不让张居正感到担忧。皇帝迷恋修道炼丹，不上朝已有八九年之久，把一个方士陶仲文封成“神霄保国宣教高士”，捧到监国的位置，整日与之谈玄说道。在这以前，有不少敢言直谏之士多次上疏规劝，却都受到惩治。嘉靖十一年（1532年），翰林院编修杨名上疏称“自古祷词无验”，劝告皇帝迷途知返，结果遭到流放。嘉靖十九年（1540年），世宗听信道士的谗言，打算让太子监国，以便能让自己脱离枯燥的政务，专心修炼长生不老的仙丹。当时，满朝文武都大为震惊，但谁也不敢站出来劝阻。这时候，太仆卿杨最站出来，斗胆上疏反对皇上这个不符礼仪的要求。他说：“天子与长生，不可两得。”结果，世宗在盛怒之下，当场就把他处死了。再加上杨爵，因为上疏指责皇帝整日修建斋醮，常年不上朝，被嘉靖帝投进监狱，饱受酷刑折磨。

即使可能遭遇不测，但年轻的张居正还是决定为了国家，为了自己的梦想努力一次，他决定向皇帝上疏表示自己的政治改革的主张。不过，为了避免走上前人的悲惨道路，他在奏疏中还是为自己留了一条后路，这也是他的明智之处。

比较张居正与“三杨”的上疏不难发现，张居正确实不愧为天才的政治家，他既有政治家的眼光，也有政治家的谋略和技巧。“三杨”都以斥责皇帝迷信道教、宠信道士为目标，犯了投鼠忌器的大忌。在皇帝看来，这无异于指桑骂槐，又怎能不触怒龙颜？聪明的张居正却避开了对道士的正面攻击，只是从群臣百僚仰望皇帝的清光说起，着重说明的是，在上下悬隔的状态中，怎样做到清扫壅阏，使君臣上下沟通，且开宗明义地指出“明主不恶危切之言以立名”，明君都以听取谏言而流芳百世，并称颂当今皇帝的功德，上追唐虞，近配列宗，自成祖以后，没有哪一朝能超过嘉靖，把皇帝视为能听取直谏的明主。这一歌功颂德的辞令，用在进谏的开头，首先就赢得了皇帝的欢心。张居正善于揣摩人意，他既能把正话反说，也能把反话正说。明明是俺答来犯、倭寇骚扰、佛郎机侵犯漳州、外患频繁，张居正在奏疏中却说成“四夷未宾”，既满足了皇帝的虚荣心，又使君主不得不正视这一现实。在列举的时弊中，他将“宗室骄恣”放在第一位。明朝是高度集权的王朝，中央对地方有绝对的钳制力量，宗藩并不足以构成对中央王权的威胁。但是，宗藩是最有资格分享王权的皇亲国戚，在中央与地方、集权与分权的矛盾中，宗藩势力的膨胀往往成为当朝君主的心腹之患。

因为他明白，不在高位，纵使才可经天纬地也无济于事。只有等到自己掌握了权力，才可能实现一生的抱负。

但通过几年的冷眼观察，他对朝廷的政治腐败和边防废弛有了直观的认识。为此，嘉靖二十八年（1549年），在夏言和严嵩争斗内阁首辅的时候，他写了一篇著名的文章——《论时政疏》。这篇文章把当时国家政治危机的几个方面分析得头头是道，体现出这个二十多岁的年轻官员敏锐的政治眼光和突出的政治天赋。