王崇古升任三边总督后，对这件事情进行了深入的调查，并提出了一些应对方案。他发给士兵银钱，让他们收买一些边民，为自己充当探子，并不断改善边境地区的政策，减轻了课税，以此来吸引更多的“板升”重新返回内地。另一方面，加大“贸易制裁”，不允许私自向河套地区贩运日常用品，使得这些“板升”不得不回到内地在大同等地采购生活必需品。随着来往的渐渐加强，一些叛逃的汉人发现内地的政策有所改变，生活在这边更好一点，于是又纷纷再叛俺答，回到明朝境内，王崇古的策反政策初见成效。但对于逐渐壮大的俺答势力，依然无法下手，不敢冒进，从来没有主动出击过，这也是对朝廷以守为主的战略政策的执行。

但谁也没想到，他们祖孙二人会因为一个女子反目成仇。如何处理把汉那吉的归附这一事件，直接关系到明朝与当时蒙古族中最强大的鞑靼部的关系。而此时俺答汗已调兵“分道入犯，索把汉（把汉那吉）甚急”。边关战火一触即发。王崇古与方逢时联名上书，他们认为，应接受把汉归附，“宜给之宅舍，授之职衔，易其服用，以悦其心”。

但在王崇古的上书到达皇帝的同时，张居正的一个指示意见也到了王崇古的手中。这让他很是奇怪，这件事情他还没有禀报朝廷，远在北京的张居正怎么就已经提出了解决方案呢？这就与张居正的尽职尽责有关，他虽然身在北京，但时刻关注着边疆的动态。一有什么新动向，他马上就能知悉。

张居正的意见也是让他们赶紧善待把汉那吉，他可是奇货可居啊。先扣着他，看看新动向。如果俺答执意要赎回把汉那吉，那我们就要求他拿赵全、邱富等人进行交换。如果俺答置之不理，那我们就给他这个孙子册封一个新号，让他们祖孙二人在内斗中互相消耗。

这些设想的提出，说明张居正处事的精细和谨慎。他提醒王崇古对于各种可能性都要有所准备，以防患于未然。待情况稍有明朗，俺答决定以赵全换回把汉那吉，张居正又及时做出判断，认为这是难得的机遇，一个周密的谋划已经成竹在胸。但一些大臣因为13年前的桃松寨事件，怕上当受骗，不再相信俺答交换人质的诺言。桃松寨事件发生在嘉靖三十六年（1557年），俺答之子辛爱的小妾桃松寨因与人通奸事发，为逃避惩罚，投降了明朝。辛爱得知后，佯装以赵全、邱富交换，骗取总督杨顺放回桃松寨，桃松寨随即被辛爱所杀，汉奸也未交还明朝。把汉那吉的来降很容易使人联想到桃松寨事件，因担心再次上当受骗，官员们反对接纳把汉那吉。在俺答派出大兵压阵，强行索要把汉那吉之际，朝臣们更是惊恐不安。张居正当机立断，力排众议，认为这不同于桃松寨事件，不仅不必为之担心，反而是可以利用的大好时机。在给王崇古的信中，他做了详细、具体的布置。他认为，俺答兵临城下，索要其孙，这是对我方有利的事，我方可一面扼险守要，严阵以待；一面据理相告要求结盟，并让俺答杀掉赵全。张居正在给王崇古的信中按捺不住自己的兴奋，他说：“向者仆固谓：世必有非常之人，然后有非常之事；有非常之事，然后有非常之功。此所谓非常之事，非公孰能了之？”

在这封信中，张居正还提醒王崇古说，把汉那吉的出逃，是其谋士出的主意，此人很有智谋。可派人暗地与他联络，告诉他明军知道一切都是他的谋划，会记住他的功劳，请他促成结盟之事。如果有可能除掉俺答，我们即封把汉那吉为王，遣兵送归故地，从此可长享富贵。

与此同时，张居正又让王崇古借助自己手下收买的探子，给俺答送信，声明希望议和的态度。信中明白指出俺答的肘腋之患正是他的儿孙之乱，并以明朝的军事实力儆诫，又利用俺答祖孙的矛盾，策动把汉那吉的谋士倒戈。阳谋、阴谋双管齐下，这一切又以深明大义的姿态，娓娓道来，在委婉中洋溢着义正词严的气度。果然不出张居正所料，这一席有关俺答切身利害的陈述，终于打动俺答。王崇古又让把汉那吉穿上汉人最尊贵的红袍玉带，与俺答相见，以示明朝的诚意。俺答本以为把汉那吉已被诛杀，却得到这意外的惊喜，从而打开了和解的大门。赵全眼见蒙汉和解的大势已不可阻挡，不得不为自己留了一条后路，投书方逢时表示悔过，愿回归中土。这又岂能为明军所容？于是，方逢时将计就计，随即把这封信转交给俺答。俺答见这汉奸反复无常，又要背叛自己，大为震怒，立即把赵全捆缚，送归明朝。

这就使得一个很紧张的边疆危机，最终化干戈为玉帛，以议和收场。但张居正认为，议和还不能从根本上解决问题。因为随着时间的推移，就像明朝已经改变了最初的军事战略一样，蒙古各部也囿于眼前利益迫于生计，已经不再怀有重新入主中原的野心，这时的战乱抢掠主要是以争夺日用物资为主。而解决这个问题只有靠经济手段才能完成。因此，张居正决定趁热打铁，准备提出封贡通市。