在积累了雄厚的资本之后，人类又开始每年以数十亿计的资金给东江还债。为确保供应港澳充足的水量和良好的水质，早在1995年，广东省政府就成立了东深水质保护领导小组，负责对供水工程水质保护的协调工作，还专门成立了东深水质保护监理站，负责东深水质保护的监督、检查和协调工作。近年来，广东省先后在东江流域建设新丰江、枫树坝和白盆珠等一系列水量调节枢纽工程，并对其实施以防洪与供水为主的调度运行方式，实现了东江水量的多年调节，保证供香港的水量需求。为了严格控制水污染，广东省一直在加强东江流域建设项目的严格管理。但石马河依然是东江流域一条久治不愈的污水河。

除了石马河的污染，还有东江中上游的河源近年来愈演愈烈的生态危机。东江从河源市穿境而过，长达250余公里，一条东江，河源差不多占了总长度的一半。东江水质如何，东莞、惠州、广州、深圳和香港2000多万名居民饮用水的水质如何，一大半要看河源的水质如何。河源必须作出牺牲，他们在工业、旅游业上均受到严格的限制，这也让河源市成了东江流域和珠三角地区一个经济滞后的县级市，尤其是新丰江水库四周的河源居民，为了保护东江水资源，他们只能作出牺牲，只能眼看着别人开工厂、搞旅游，他们却什么也不能干。至今，这里还有20多万人生活于贫穷线以下。这在沿海地区似乎是不可思议的。发展是硬道理。发展对于这些生活在贫穷线以下的老百姓也同样是硬道理。他们的活路到底在哪里？自2006年以来，他们终于找到了一棵摇钱树——突然开始大量种植作为经济用材的尾叶桉。大片野生的、原生态的森林被人类的植树造林所取代。这些善良、憨厚的老乡们并不觉得他们在毁灭什么。事实上，很多中国的老百姓到现在还不是十分清楚，这样大面积种植某种单一的树种可能带来的灾难性后果，他们觉得他们还在植树造林，就是天经地义合情合理的了。他们并不觉得他们在毁灭什么。短短几年，东江中上游河源一带的原生态森林就这样被毁掉了，很多不能作为经济用材的野生杂树大都被连根铲除，只有漫山遍野的桉树在疯狂地生长、蔓延，大量物种正在灭绝或已经灭绝。这是比工业、旅游业更具杀伤力的生态大破坏。有人预测，如果没有一种力量来阻挡这种单一物种的疯长，过不了多久，东江水源很可能遭遇断流的灭顶之灾。