在远东国际军事法庭开始审判战犯的同时，国民党政府在南京、上海、广州等地成立了11个“审判战犯军事法庭”，对中国战区的战犯进行审判。中国共产党也在延安成立了“战犯调查委员会”。

到1949处1 月止，国民党各地军事法庭共受理战犯案件2200余宗，判处死刑145人，有期与无期徒刑400余人。余皆宣判无罪，作为战俘遣返回国。

南京的审判战犯军事法庭成立于1946年春，当初属于国民党陆军司令部。待国民党军事委员会改为国防部后，又隶属于国防部，全称为“国防部审判战犯军事法庭”。

南京军事法庭虽然成立最早，但审理的案件却不多。自始至终共办理了52宗案件。其中酒井隆、谷寿夫、矶谷廉介、高桥坦等4人为日军高级将领。松本洁、三岛光义等是直接杀害中国人民的宪兵。松本洁在浙江嘉善、三岛光义在浙江无锡罪恶极重，均有“活阎王”之称，民愤极大。另有野田毅之和向井明两名日军士兵，于日军占领南京后，在紫金山下进行杀人比赛，野田毅之杀了105人，向进明杀了106人。这一消息当时曾在日本报纸《朝日新闻》上登载。

在南京军事法庭所审理的案件中，罪大恶极者是归日军华中派遣军司令官松井石根指挥的第六师团中将师团长谷寿夫。

日本投降后，松井石根与谷寿夫均被盟军俘虏，作为战犯关押在东京巢鸭监狱。松井石根后被远东国际军事法庭判处绞刑。

1946年初，南京军事法庭成立后，将谷寿夫经驻盟军总司令部作为二级战犯引渡到南京，关押在国防部军法看守所内。

谷寿夫是南京大屠杀主犯。1937年12月13日，日本华中派遣军进攻南京，谷寿夫指挥他的部队，首先从光华门、雨花台、中华门攻入城内，开始了举世震惊、惨绝人寰的大屠杀。在不到两个月的时间内，共杀害了30多万中国百姓。

军事法庭在审讯谷寿夫之前，对其罪证进行了调查。