石美瑜无法回答听众席上众人的责问，当即宣布退庭，与律师等人躲进庭长室。愤怒的记者们不顾宪兵的阻拦，拥进庭长室，纷纷向法庭提出抗议。然而事已定局，记者们的抗议只是徒劳。

冈村宁次事先曾听传言，国民党军方以外有不少人主张判处无期徒刑，石美瑜曾拟判有期徒刑七年，他思想上已有服刑的准备，不料结果竟判无罪，令他深感意外。他要求向庭长致谢，但被拒绝会见。

这时，一位法庭副官对他低语：

“哎，先生还是乘此混乱之际，从后门走脱为妙。”

冈村宁次这才恍然大悟，急忙与陪他来法庭的松冈从后门溜出，徒步返回寓所。

28日傍晚，军事法庭一位副官来到冈村宁次“保外就医”的寓所，通知他于次日早晨6时30分之前到战犯监狱集合，与狱中的战犯同乘美国轮船回国。

原来，国民党政府为使冈村宁次能搭乘美轮回国，特提前宣判。

30日上午10时，美轮从上海吴淞港起航。船驶出中国领海之后。东京广播电台就报道：

“在华全体日本战犯正在返回日本途中。”

与此同时，中国国内因冈村宁次被军事法庭宣判无罪一事陡起风波。延安中共新华社发表文章，向国民党政府提出抗议，遣责对冈村宁次的判决。并要求引渡冈村，以此作为维持国内和平的条件之一。

当时蒋介石已宣布下野。李宗仁代总统为争取和平，下令重新逮捕冈村宁次。但上海警备司令汤恩伯却将命令押压不发。军事法庭庭长石美瑜考虑自己对此事负有直接责任，乘飞机到南京请示对策。李宗仁得知冈村宁次已乘船回国，便命令国民党驻日本代表团团长商震待船到日本后，将冈村宁次重新扣押。商震接到命令，前往驻日盟军总司令部提出重新逮捕冈村的要求，被美军方面拒绝。

当天中午，盟军总司令麦克阿瑟命令厚生省打破严禁悬挂日本国旗的禁令，破例在日本东京国立医院悬挂国旗，向冈村宁次表示慰劳，并派肯尼中校前往医院慰问冈村宁次。

盟军最高统帅与国民党政府对冈村宁次施以如此特殊优厚的待遇，令冈村本人大惑不解。直到翌年，蒋介石聘他为台湾“革命实践研究院”高级教官后，他才明白蒋公诸人的用心。