公元755年，信奉佛教的赤松德赞，为了在西藏弘扬佛法，派专使去迎请莲花生大师入藏，莲花生在雅鲁藏布江边与赤松德赞会面。传说，莲花生大师作礼时，竟然手中喷出火焰，众人见了立刻向莲花生大师行了五体投地的大礼。莲花生大师以其高超的神通摄服藏人，并且建立佛教寺庙，传授佛法，使佛教在西藏生根发芽。就这样，莲花生大师成为“藏密”的创始人，被藏族人称为“第二佛陀”。

与汉传佛教一样，藏传佛教也有不同的四大宗派，莲花生大师所传的教法，后来被称为“宁玛派”，意思是“古老”。该派与西藏传统的苯教有所融合。17世纪时，五世达赖喇嘛扶持该派的发展，在青海、四川和云南一带影响很大。直到今天，每年的藏历五月初十，宁玛派的祖庭桑耶寺的喇嘛们会跳起莲花生大师及八大化身的金刚舞。

公元1073年，一位叫贡却杰布的出家僧人，来到后藏萨迦地区传教，建造了萨迦寺，创立了萨迦派。在大昭寺内供奉着萨迦派的祖师们，人称“萨迦五祖”。最右面的祖师，就是八思巴。他继萨迦班智达之后，被元朝皇帝忽必烈封为国师，负责全国佛教事务和整个西藏地区，结束了西藏近四百年的混乱局面，从此西藏也正式归属中央政府管辖。

噶举派是公元11世纪中叶由玛尔巴所创立，噶举是传承佛语的意思。该派特别重视师徒之间的口耳传授，是藏传佛教第一个实行活佛转世制度的教派。第一个转世活佛称为噶玛巴，意为“行佛行事业者”。明代永乐皇帝赐封其为“大宝法王”，延续至今。噶举派在藏传佛教各宗派里支系最多，今天拥有数量众多的寺院，遍布整个藏族地区。

公元14世纪70年代，一位年轻人走在去往西藏的道路上，他就是格鲁派的创始者宗喀巴大师。宗喀巴，1357年生于青海湟中县，八岁出家，十七岁进入西藏求法。经过艰苦的修行和学习，他通达显密各宗的教义。他面对当时藏传佛教派别众多、混乱和戒律松懈的局面，整理出一套“先显后密”的修习次第，严格要求僧人遵守戒律，深入研习，闻思修证，倡导一条循序渐进的觉悟之路。他综合各宗教义后撰写的《菩提道次第广论》，是一部中国佛教史上的不朽经典。

公元1642年，格鲁派在蒙古贵族和皇太极的扶持下取得了西藏地区的统治地位，由此成为在藏地信徒最多、势力最大的宗派。宗喀巴圆寂后，传承他事业的，是他的两个门徒。一位名叫根敦珠巴，身后被追认为第一世达赖喇嘛，相传是观世音菩萨的化身；另一位叫克珠杰，后来被追认为第一世班禅，相传是阿弥陀佛的化身。

公元1653年，五世达赖远赴北京，朝见顺治皇帝，受册封为“达赖喇嘛”，从而确立了他在藏传佛教的领袖地位。康熙五十二年，也就是公元1713年，中央政府册封五世班禅为“班禅额尔德尼”。达赖、班禅的转世，从此由中央政府正式册封，沿袭至今。