公元960年，吴越王钱弘俶崇信佛教，请延寿禅师重兴灵隐寺。这个延寿禅师，是余杭人士，为净土宗六祖，在中国佛教史上占有重要的地位。面对百废待兴的局面，延寿禅师苦心经营，设计新的寺院布局，除了完成山门、大殿等的重建，还拓建了五百余间僧房。后来，吴越忠懿王钱弘俶在延寿禅师所建的灵隐寺基础上，扩建灵隐寺为九楼、十八阁、七十二殿，屋宇一千三百余间，常住僧侣三千余人，恢复了灵隐寺原有的规模与盛况。

当时佛教宗派林立，延寿禅师凭着深厚的佛学功底，将各派教义集中梳理，编著了百卷的《宗镜录》。当时的高丽国王读了《宗镜录》后，大为钦慕，特派僧侣三十六名前来向延寿禅师学法，并以国王的身份向延寿禅师行弟子之礼。除编著《宗镜录》外，延寿禅师还著有《万善同归集》、《唯心诀》、《禅净四料简》等，阐发他的观点和领悟，对当时和后世佛教思想的发展产生了深远的影响。

北宋一代，皇室对灵隐寺非常重视，宋真宗曾赐名“景德灵隐禅寺”，仁宗天圣二年，章懿太后赐脂粉钱九千五十四贯给灵隐寺，作为修茸寺庙之用，后又因灵隐寺斋僧施粥的需要，将良田一万三千多亩赐与灵隐寺作为庙产。

庆历年间，灵隐寺住持契嵩和尚撰《原教论》，针对当时一些尊儒排佛的思潮，以佛教的“五戒”、“十善”会通儒家的“五常”，强调佛儒两家都以“教人为善”为宗旨，宋仁宗赐契嵩“明教大师”的称号。自此，灵隐寺名闻遐迩，灵隐寺成为天下禅宗圣地。

苏轼任杭州知事时，常到灵隐寺休闲赋诗，不但将白居易所书“冷泉”两字之后补上一个“亭”字，还写了许多有关灵隐寺的诗句，其中《留题灵隐寺方丈》一诗，描绘了当时灵隐寺晨钟暮鼓、香火鼎盛的寺庙盛况：

溪山处处皆可庐，最爱灵隐飞来孤。

乔木百丈苍髯须，扰扰下笔柳与蒲。

高堂会食罗千夫，撞钟击鼓喧朝晡。

凝香方丈眠氍毹，绝胜絮被缝海图。

南宋迁都杭州，高宗和孝宗时常到灵隐寺进香。宋孝宗赐给当时著名的禅师慧远“瞎堂禅师”的名号，改法堂名为“直指堂”。

历史上富有传奇色彩的“济公”——道济和尚，就是瞎堂慧远禅师的弟子。济公不但是妇孺皆知的侠僧，也是灵隐寺历史上最富传奇色彩的神僧。

道济和尚十五岁在灵隐寺皈依瞎堂禅师慧远和尚出家，却成日疯疯癫癫，时而面壁静坐，时而同一班顽童戏耍，时而济困扶危，惩治强梁，时而呼朋引伴喝得大醉。灵隐寺的僧众见道济不守清规，纷纷告到慧远和尚处，请求和尚清理门户。岂知老和尚批下十个大字：“佛门广大，岂不容一癫僧！”自此，“癫僧道济”之名，不胫而传，久之简称“济癫”。