公元1653年，西藏第五世达赖喇嘛朝见顺治皇帝，开创了达赖喇嘛由中央政府册封的先河；公元1713年，康熙大帝册封第五世班禅大师为“班禅额尔德尼”，开创了班禅大师由中央政府册封的历史；同时，康熙大帝还帮助西藏人民击退了准噶尔军队的入侵，平定了西藏内乱，并任命一个名叫颇罗鼐的当地人为郡王，由他总理西藏地方事务。基于顺治康熙两代皇帝的努力，西藏进入了政通人和的“颇罗鼐”时期。

雍正帝是个勤奋的皇帝，为巩固和稳定蒙藏局势，不仅仅热衷于推崇佛教，还潜心苦读佛书，研究佛经，并在章嘉二世的指导下禅坐三次，达到了深通佛理的境界。他和章嘉二世的友谊一直延续到章嘉二世活佛的圆寂。

章嘉二世圆寂之后，他主持的佑宁寺僧人在西北方向寻找到他的转世灵童章嘉?若必多吉，年仅四岁的若必多吉成为三世章嘉活佛，继承了前世章嘉活佛的宗教地位和社会关系。

章嘉三世诸锡佑宁寺不久，青海地区发生了叛乱，章嘉三世在僧人保护下躲藏起来。雍正帝知道后发出急诏，火速把小章嘉三世接到了北京。雍正皇帝对章嘉三世照顾有加，在章嘉三世拜见雍正帝的时候，雍正帝抱起了小活佛，并特别准许他乘黄幛马车，坐九龙褥，教他满汉文字，学习宫廷礼节，让他和年幼的乾隆皇帝一起读书学习。雍正这样做，是有意为他们的未来铺平道路。

公元1735年，雍正帝暴卒，灵柩被安放到雍和宫神谕殿内（今永佑殿），一年后，移葬清西陵，两年后，神谕殿内供奉了雍正的影像，乾隆皇帝按季节来这里行礼上祭，僧人日日诵经，这时的雍和宫，就是“影堂时期的雍和宫”。也就是在这个时期，乾隆皇帝开始了把雍和宫改建为佛教寺庙的工程。

乾隆皇帝写的《御制雍和宫碑》中这样说道：雍和宫是雍正帝的行宫，子孙后代无人能住，但是，若长久闲置，必显荒凉，把它改为一座皇家藏传寺院，“香幢宝纲，夕呗晨钟”，是怀念父亲的最好方式。

雍正帝生前的巧心安排没有白费，和乾隆一起成长起来的章嘉三世，不仅是乾隆佛学造诣方面的导师，也成为帮他处理蒙藏事务的好帮手。而乾隆皇帝更没有辜负先帝的期望，他时刻牢记“修其教不易其俗，齐其政不移其宜”的祖训，深知利用藏传佛教是他坐阵京师统领蒙藏地区最有效方法，将雍和宫改为藏传佛教寺院，也就成了历史的必然，成为有清一代治理蒙藏地方最成功的范例。

雍和宫，是宏大、昌顺、和谐的宫殿，是弥勒菩萨的佛国净土。这片佛国净土的改建，在章嘉三世的督办下，历时六年，告以实成。建成的那一天，章嘉三世带领僧众举行了三天三夜的开光仪式。清代诗人震钧这样形容这座庙宇：“殿宇崇弘，相设奇丽。六时清梵，天雨曼陀之花……固黄图之甲观，绀苑之香林也。”