在全国各党各派纷纷合并重组的形势下，同盟会也感到了莫大的压力。1912年3月，同盟会在南京宣布正式改组为公开政党，会员也在随后的数月间迅速增至十数万人，成为民国初年势力最大的政党。但共和党在合并其他党派后同样势力大增，在改选临时参议院时，同盟会已不占绝对多数。因此，同盟会的改组及合并其他政治主张接近的小党派也就成为当务之急。

在以上提到的几个大党之外，还有一个号称“第三党”的“统一共和党”，其在临时参议院中占据了一定的议席。“统一共和党”由三个政团合并而来，骨干人物有蔡锷、景耀月、吴景濂、谷钟秀等南北军政界的重要人物，其中既有革命党人，也有立宪派人士。该党采取中道路线，主张调和，在政治上介于同盟会与共和党之间，由此成为同盟会的争取对象。

但是，两党合并中遇到不少的波折。首先，“统一共和党”不希望自己“被吞并”，因而主张不用同盟会原来的名号；其次，他们并不赞成同盟会过于激烈的主张，譬如民生主义中的平均地权等；其三，除宋教仁、刘揆一等人坚决“并党”外，一些老同盟会员反对合并他党，而另一些同盟会员则对改变沿用了多年的同盟会名号表示坚决反对，如蔡元培就声称，“不能舍己从人，名称万不能改”。

这时，以清末名臣岑春煊为首的上海“国民公党”在得知“统一共和党”要与同盟会合并的消息后，也派出代表到京参与合并谈判，但他们除了同意“统一共和党”的意见外，又提出一条要求，那就是将同盟会纲领中的“男女平权”一项取消。

在宋教仁的多方斡旋下，同盟会于1912年8月接受了“统一共和党”和“国民公党”所提出的条件， 而另外两个小党派，“共和实进会”和“国民共进会”也在谈判后同时并入。由此，新的“国民党”成立，而同盟会的名称就此退出历史舞台。

宋教仁同样是主张两党制的，他在改组“国民党”的宣言中说得很明白，“一国政党之兴，只宜二大对立，不宜小群分立”，“政党宜两大对峙，希望自党发达，也希望反对党发达，以致能旗鼓相当”。据称，宋教仁曾密访过梁启超，其“两党轮流执政”的设想是否来自于此，目前尚不得而知。

宋教仁曾天真地认为，只要“国民党”能在在国会中获得半数以上的席位，“进而在朝，就可以组成一党的责任内阁。退而在野，也可以严密地监督政府，使它有所惮而不敢妄为，应该为的，也使它有所惮而不敢不为”，与之异曲同工的是，“进步党”也发表过类似的言论，“故一党在朝，发展其政见，必有一党在野批评其得失，研究其利害，监督之以使政府不敢为恶”，如此看来，民国两党制的格局似乎大有希望。

梁启超曾在《政治上之对抗力》一文中明确提出“政治对抗力”的概念，用以论述两党制的合理性。梁启超断言，真正的民主国家，都须有对抗力才能稳定结合成一整体，有执政党须有反对党，“凡国民无政治上之对抗力或不能明对抗力之作用者， 其国必多革命……各方面对抗力销蚀既尽之后，全国政治力量成为绝对的，其结果必为专制，而专制崛起之结果，必为革命。任何政府之稳健运行，须两党良性竞争形成稳定的政治对抗力，而两党政治是维持政治对抗力之最佳途径”。由此可见，梁启超扶持“民主党”，加入“共和党”，最终组织“进步党”，其动机便在于构建两党政治，消灭专制与革命，为国家发展创造稳定的环境。

但是，政党本是英美国家的政治产物，在中国历史上只听说过“朋党”，什么牛党、李党、清流党，几乎就是利益中人相互攻伐的代名词。1912年8月的《真相画报》上刊登了一副漫画，说：“甚么子叫党，甚么子叫派，原本一夥人，也进谗言把他害；甚么子叫改，甚么子叫革，排挤与钻营，更比从前了不得。” 章士钊也在《民立报》上抨击道:“号称急进者，攻人不择人，骂人不择言，实为狂狷无识之士，自号温和者，附会权势，造谣生事……这种政党之争，纯属私见冲突，而非政见的论争。”

在1924年出版的《民国政党史》一书中，作者谢彬更是一针见血地指出，民国初年的这些政党不是政见的结合，而是感情的结合、权势的结合，甚至干脆就是金钱的结合，只不过老祖宗之前叫什么君子党、小人党，现在的人套了一个政党的名词。这些所谓的党派，无一不是中上层士大夫的俱乐部（包括“进步党”、“国民党”在内），他们毫无民众作为基础，也没有切实可行的党纲，很多党派对自己的党纲不甚了了，不过是作为点缀和摆设罢了。

民国初年的内务总长赵秉钧也戏称：“我本不晓得什么叫党，不过有许多人劝我进党，‘统一党’也送什么党证来，‘共和党’也送什么党证来，同盟会也送得来。我也有拆开看的，也有撂开不理的。”说到这里，怀里揣着8个党证的赵秉钧摸了摸脑袋，对身边的人笑道：“我何曾晓得什么党来！”

在“国民党”成立后，赵秉钧出任新的内阁总理，不久即卷入“宋教仁遇刺案”并间接引发了“二次革命”，民国初年刚刚起步的政党政治由此被打乱。在击败南方的革命党后，袁世凯以“公民团”的方式胁迫国会选举其为正式大总统，之后便以涉嫌乱党为名取缔“国民党”议员的资格，进而使国会瘫痪。由此，宋教仁功未竟而身先死，梁启超所设计的“进步党”与“国民党”相对抗的两党政治也随着国会的最终解散而灰飞烟灭。

梁启超在一心打造民国两党制的时候，似乎对北洋实力派有所忽略或者毫无办法，他一相情愿地将“开明专制”的希望寄托在袁世凯身上，但对西方政党政治毫无所知的袁世凯却是一个“开明不足、专制有余”的旧派人物。在大小军阀握着枪杆子的前提下，不管是多党制，还是两党制，都是不切实际的舶来品。对于这些军事强人来说，有枪就有权，什么“宪政民主”，什么“议会政治”，什么“两党制”，统统都是隔靴搔痒、痴人说梦。由此，民国两党制的夭折，也就完全在意料之中了。事实上，这并不仅是宋教仁或梁启超一个人的悲剧，而是那个时代几乎所有人的共同悲剧。