从电文分析来看，最开始“毁宋”的含义应当是通过媒体丑化孙宋等人，但由于应桂馨拿不出实质性证据（即所谓“劣史”），而洪述祖又提高了相当的价码，于是应桂馨决定铤而走险，“毁宋”变成了 “去宋”，也就是要除掉宋教仁以获取巨额报酬。就这点而言，这件事只有洪述祖和应桂馨知道，而没有直接证据证明赵秉钧与袁世凯了解或参与此事。

令人奇怪的是，武士英在一星期后的法庭上却将之前的供述全部推翻，声称自己此次杀宋教仁，完全是自己一个人的意思，并否认自己曾经见过应桂馨。不仅如此，武士英还声称自己是为北京政府除害，似乎有意为应桂馨脱罪并将人们的视线转到北京政府。由于武士英前后的供词翻得太离谱，这就不得不让人怀疑有人在幕后串供、故意唆使了。

更奇怪的是，武士英在被捕后一直表现从容，丝毫没有畏惧的罪犯心理特征，他在出庭受审时还沾沾自喜地说：“我生平未曾坐过汽车，此次因此案而坐公车，也是一乐。”武士英前后反复的行为让人百思不得其解，而且他的背景也一直没搞清楚：他的被捕很奇怪，他的供词很荒唐，而他的死更是一个谜。

武士英和应桂馨开始被分别关押在英法租界，后来均被引渡到中国法庭，但就在预审的前一天，身体强健的武士英却突然死亡，而整个事件一点线索都没有。由于没有记载有外来者接触犯人，因而武士英被看守者毒杀的嫌疑最大。更要命的是，凶手干得非常漂亮，竟然没留下任何痕迹，以至于当时都没有留下什么有价值的证据（当然，证据也有可能被看守毁灭）。

目前史论认为袁世凯将武士英杀人灭口，这很可能是“因人归罪”的无稽之谈。武士英的经历和背景与北京政府没有一点联系，说袁世凯杀人灭口非但在理由上站不住脚，而且从技术上来说也几乎没有可能。当时上海是国民党势力的大本营，当时的破案、审判等工作基本都在国民党控制下。武士英被引渡到中国法庭后被关押在上海海运局沪军六十一团的军营中，而该部队是沪军都督陈其美的老部队改编而来的。如果说杀人灭口，最大的可能反是来自应桂馨的帮会系统或者陈其美势力。至少，武士英的口供以及被突然灭口，在这个幕后黑手被彻底揭露出来之前（唆使武士英翻供并将之灭口的很可能是同一主使人），宋案永远只能是一个谜。

应桂馨被捕后在“二次革命”期间趁乱逃跑，他躲到了青岛的德国租界里。在袁世凯击败革命党人后，应桂馨犯了一个严重的政治错误，他居然不甘寂寞地跳了出来，并在1913年底公开向北京政府发出请求“平反冤狱”的通电。应桂馨打着为刺客武士英平反的借口，说什么“宋教仁是主谋内乱之人却死有余荣；武士英为民除害反冤沉海底”，实际上是为自己鸣冤求功。

不仅如此，应桂馨在青岛找到洪述祖（宋案发生后洪述祖立刻逃到了青岛租界）强索报酬未果后，又从青岛跑到北京，并写信给袁世凯索取杀宋的报酬。这个应桂馨当时可谓是头脑发昏，他也不掂量掂量自己的分量，一开口就是索要现金50万元，而且还要求授予他“勋二位”，两者缺一不可。

对付应桂馨这样的流氓，袁世凯还是很有一套的。某日晚上，四个彪形大汉以搜查烟土为名爬墙进了应桂馨的住所，所幸的是应本人不在。当应桂馨得知这个消息后，他吓得连行李也不敢去收拾，便仓皇逃往天津，但最终还是不免一死。就在火车开到廊坊附近的时候，应桂馨在车厢中被人乱刀砍死，死状极惨。

从某个意义上来说，应桂馨的被杀，也算是为宋教仁报了仇。后来有证据证明，杀应的是北京执法处的郝占一和王双喜，而下命令的人极有可能就是袁世凯。这就是一个流氓泼皮前后反复、言而无信的下场。但反过来说，如果真是袁世凯指使了应桂馨刺杀宋教仁，那倒是有可能秘密给他一笔钱将之打发走；但要是刺杀宋教仁是洪述祖与应桂馨肆意妄为并让袁世凯背了黑锅的话，那袁世凯对应桂馨陡起杀心，就实属正常了。