“原来，他姓章号太炎，浙江余杭人，讲起旧学来，无人不佩服他，不过因他举动离奇，一般人叫他章疯子。自此以后，章疯子囚犯的时代甚长，由宪兵教练处移囚至龙泉寺，又由龙泉寺移囚至徐医生家，俱是后话。且说章疯子被囚后，也有许多营救他的。有一人转求袁总统最亲信的张秘书，为他缓颊道：‘袁总统挟有精兵十万，何畏惧一书生，不使恢复其自由呢！’袁瞠目答道：‘太炎的文笔，可横扫千军，亦是可怕的东西！’所以太炎被囚了，人人断其无释放的希望。这是深明白当道的意思的……”

章太炎被移拘外城龙泉寺后，恼怒异常，他愤而拒绝官厅供给，平日生活所需只依靠自己来京时所带的旅费，以示“义不食袁粟”。不久，旅费全部用光，章太炎便开始绝食。袁世凯知道后，也不想背上逼死国学大师的骂名，因而特地将京师警察总监吴炳湘召来，让他妥为设法劝导处置，千万不要让章太炎真的绝食死了。

吴炳湘随后找到官医院长徐某，让他出具一报告书，说章太炎患病，龙泉寺与其病体不相宜，应迁地疗养，于是便将章太炎移居到东城本司胡同徐某的寓中，以便随时调护治疗，章太炎的绝食之举也就无形中有所转圜。徐某除了要防止章太炎绝食外，还暗地负有劝服章太炎的任务。有一次钱玄同等弟子去见章太炎，便听到他在众人面前演说：“你们老师是大有学问的人，不但我们佩服，就是袁大总统也很是器重。如果你们老师明白大总统的好意，彼此相投，大总统定然另眼看待，决不亏负于他。可是大总统的火性也是厉害的，倘或不知好歹，一定要触怒了他老人家，他老人家也会翻脸不认人。‘扑通’一声（言至此，作枪击之势），你们老师的性命难保了！你们总要常劝劝他才好！”当时徐某的表演可谓是声容并茂，钱玄同等人也无话可说，章太炎听后不过微微冷笑。

章太炎在徐寓住下后，袁世凯仍旧不许其出京，只答应供给其在京之费用，即按月付500元，作为“高等囚粮”之用。但是，这500元并不是直接交给章太炎，而是由徐某经手，因此章太炎实际所得只有300元。后来不知何故，章太炎又闹起了绝食，徐某劝说无效下，不免大怒斥责道：“袁大总统每月白送你500元，你何等舒服，竟尚不知足，无端绝食，真不知好歹！”言毕，徐某冷笑而去。徐某当时只顾发怒，不慎将500元之真相泄出，而这话被在场的钱玄同等弟子听到后，于是大家一起去找徐某，说：“你以经手人之资格，今已明向章先生说出500元；要是今后还只付300元，章先生必以见欺而益愤，后果你承担得起吗？”经此一番交涉，徐某这才将500元如数给予。

被软禁期间，章太炎每日大书“袁贼”二字，喝酒必佐以花生米，曰：“杀袁皇帝的头！”小人们将章太炎的悖逆言行告到袁世凯那里，并建议将章太炎杀头，袁世凯却淡淡地说，一个疯子，我何必与之较真！

软禁归软禁，章太炎的学问没耽搁，在此期间，他重新修订了《訄书》、《国学论衡》等著作，也算是得袁所赐。1916年，袁世凯称帝败亡后，章太炎重获自由，但一个新的时代扑面而来，无意之中，章太炎已经成为新人物、新思潮所批判的“古董级”人物了。

在新文化运动中，中国的传统学术被横扫，令章太炎颇为不适应。美国留洋回来的胡适博士写了一本《中国哲学史大纲》（系中国最早使用新式标点符号的书籍）。因受益章太炎的思想颇多，因而胡适在出版之后特地送了一本给章太炎，封面里写了“太炎先生指谬”几个字，章太炎看到自己名字旁画了黑线后，大怒道：“何物胡适！敢在我名上胡抹乱画！”继而看到“胡适敬赠”的“胡适”两字旁边也画一黑线，这才转嗔为喜，笑道：“他名字边也有线，就彼此抵消了。”（之前的标点符号规则中，人名、地名等往往标线加以区别）

章太炎是“革命旧人”不假，但他同时也是一个革命异端，之前与孙中山发生严重的冲突不说，在五四运动后，更是跟不上形势了。在这段时期，章太炎不但反对联俄赤化、主张联省自治，而且对北伐后的南京国民政府也不予认同，极为格格不入。章太炎的批蒋言论也令当局十分不满，他一度被列为“反动学阀”而遭通缉，幸好有老友们从中疏通转圜，方逃脱缉拿，自罚闭门思过。