蔡锷当时担任了广西兵备道总办、参谋处总办，同时还兼任了陆军小学总办，统领整个广西的新军及编练机构事宜，军权在握，权倾一时，很受巡抚张鸣岐的重视。不过，由于中国人的乡土观念很重，身为湖南人的蔡锷在广西混得太好，难免引起当地人的嫉妒，结果惹出一场“驱蔡风潮”，令蔡锷不得不退出广西。

事情是这样的，当时湖南人在广西定居极多，在风气、文化各方面又都比广西本地人要好得多，因而不免发生一些利益冲突。“驱蔡风潮”最初发源于“干部学堂”，这个学堂原本是为广西新军培养军事干部的，因为广西在清末编练新军时拟成立一镇一协（即一师一旅），但后来因为经费不足，所以只编成了一混成协。如此一来，干部学堂的两百多毕业生就大大地供过于求，作为兵备道总办的蔡锷决定从这两百多人中进行甄别考试，结果湖南籍的毕业生成绩远好于广西本地学生，在留用的120人中，湖南人有90多个，而被淘汰的大多为广西籍。

这下广西人当然不干了，他们认为蔡锷的考评袒护同乡，有失公允，因此在干部学堂内掀起“驱蔡运动”并很快波及其他学堂。不久，广西谘议局的议员们也群起弹劾蔡锷，使得风潮进一步扩大，广西人甚至罢市罢课，一致要求蔡锷离桂。在“驱蔡运动”的高潮时期，各学堂的学生排队前往抚台衙门请愿，弄得张鸣岐毫无办法，最后蔡锷只能在压力之下灰溜溜地离开了广西。

古话说得好，“失之东隅，收之桑榆”，蔡锷在广西以一种不体面的方式下台后，云贵总督李经羲却随后将之延揽到云南，并担任了第19镇第37协的协统(旅长)，这次是直接做上了带兵官。就当时而言，带兵与不带兵的效果是完全两样的，蔡锷之前做的大多是教官或者军政管理工作，手头没有自己的子弟兵，因而在关键时候无人可用，这一次反而是因祸得福，收插柳之功了。

半年之后，武昌起义爆发；二十天后，云南的革命党人也发起起义响应。在关键时刻，蔡锷被推为起义军临时总司令，新、旧军在激烈交战一昼夜后，第19镇统制钟麟同被杀，云贵总督李经羲被俘（后被礼送出境），身为协统的蔡锷则被推为云南都督，当时年仅29岁。在当年的这场革命中，类似于蔡锷经历的还有江西都督李烈钧（29岁）、山西都督阎锡山（28岁）、贵州都督唐继尧（28岁），这几个人都从日本士官学校毕业回国并在各省新军中担任重要军职。从这个意义上来说，辛亥革命实际上是一场全国意义上的兵变。

不过，当上都督的蔡锷在民国后再次遭到云南当地人的排挤（所谓“滇人治滇”，当时各省自治就流行这个，即本省都督须由本省人担任），正好袁世凯在1913年下令将他调往北京，于是蔡锷顺水推舟离开了云南，遗缺由原贵州都督唐继尧接任。唐继尧倒是云南人，他既是蔡锷的学弟，也是其部属，在革命前的云南新军第19镇第37协中，蔡锷是协统，刘存厚是标统，唐继尧为营管带。辛亥时期，贵州革命不甚成功，应当地士绅要求，蔡锷派唐继尧入黔平乱，唐继尧由此担任了贵州都督。

袁世凯对蔡锷很是欣赏，他将蔡锷调到北京的原定目的是让他担任新组建的“模范团”团长，以对北洋军进行改造并打造出一支新的军队。可惜的是，袁世凯引进“外人”的提议遭到北洋派内部的强烈抵制，最后只能作罢。蔡锷到京后，虽然也担任过将军府办事员、参政院参政、经界局督办等职，但都是一些虚职，这使得正值当打之年的蔡锷感到有志难伸，颇为郁郁寡欢。

在清朝覆亡之后，蔡锷认为只有“强人政治”才能维护国家的统一并达到富强，而他心目中的“强人”正是袁世凯。因此，蔡锷在民国初年一直站在袁世凯的一边，对革命党的“二次革命”不予支持。但是，蔡锷到京后，发现民国的新气象很快便陷于消亡，而他看重的强人袁世凯并非他心目的理想人选，特别在谈判“二十一条”的过程中，蔡锷更是对袁世凯失望至极。