但不管怎么说，蔡锷离开北京到达了昆明，袁世凯也确实着了蔡锷的道儿，让这个对手轻易逃脱了自己的控制。蔡锷到昆明后，随后便与唐继尧揭起“护中国军队”大旗，并召集群众大会，宣布云南独立，举起反袁大旗。昆明的民众得知消息后，立时欢声雷动，并纷纷走上街头，举行了盛大的游行活动。在群众大会上，蔡锷发表演说称：“我们所争取的不是个人的权力地位，而是四万万同胞的国格！我们与其屈膝而生，毋宁断头而死！”台下民众听后一起鼓掌，民意昭然。

在宣布云南独立后，唐继尧、蔡锷等人随即组建了护中国军队，出兵讨袁。护中国军队当时共有三个军，第一军总司令蔡锷，率军西向四川；第二军总司令李烈钧，兵进广西并直抵广东；第三军总司令由云南将军唐继尧兼任，坐镇云南后方。1915年底，蔡锷的第一军和李烈钧的第二军陆续分批开拔前线，拉开了护国战争的序幕。

蔡锷的第一军共三个梯团、六个支队（朱德当时任第六支队长，即原来滇军步兵第十团团长），兵力尚不足一万，出征的时候只有两个月的粮饷，而且基本是步兵，只有一个骑兵连和少量的重武器、轻重机枪。出发时，每个士兵所携带的子弹仅300发，炮弹更少，可谓是孤军深入，十分悲壮。

蔡锷所部护中国军队到川南作战两个月后，消耗甚大，而后方唐继尧又未能及时接济，以至于陷入了极大困境。蔡锷曾在此期间给友人的信中说“所难者枪支破损，未能克日修理，衣服褴褛，未能换给；弹药未能悉加补充，而饷项已罄，乞灵无效”；“自滇出发以来，仅领滇饷两月。半年来，关于给养上后方毫无补充，以致衣不蔽体，食无宿粮，每月火食杂用，皆临时东凑西挪，拮据度日”。

好在护国战争只进行了半年，袁世凯便在内外交困中一命呜呼（不过，袁世凯是自己身体撑不住病死的，而非护国战争打垮的），蔡锷的“护国之举”也就大功告成。话说回来，世事原本无常，倘若袁世凯当年任命蔡锷做了“模范团”团长，想必也就不会有这场麻烦呢。最后倒好，梁启超、蔡锷师徒一文一武，笔杆子、枪杆子一起上，他老袁家的皇帝美梦、锦绣江山，一眨眼可不就化成了泡影？

令人惋惜的是，就在袁世凯死去后不到半年，两位赫赫有名的“共和伟人”便先后去世，一个是黄兴，另一个则是蔡锷。前文已述，蔡锷是以治病的借口离开北京的，而他当时确实患有严重的喉疾，加上作战的条件极其艰苦，“鏖战经月，日眠食于风雨之中，出入乎生死以外”；“平均每日睡觉不到三个钟。吃的饭是一半米一半砂硬吞”，使得病情久拖不治，日益恶化。等到护国战争结束后，蔡锷旋即赴日本医治，但为时已晚，于1916年11月8日在日本福冈病逝，年仅35岁（黄兴43岁）。

“国民赖公有人格，英雄无命亦天心”，在蔡锷病逝后，其师梁启超十分悲痛地为自己的爱徒撰写了这副挽联。1917年4月12日，蔡锷移葬故里，国民政府在长沙岳麓山为他举行国葬仪式，这也是民国历史上的“国葬第一人”。受此殊荣，蔡将军泉下有知，想必也会感到欣慰的。